El poder ejecutivo del cantón es desempeñado por un ciudadano con el cargo de Alcalde de Palenque, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.
Los encargados de aquellas direcciones municipales son designados por el propio alcalde.
Actualmente el Alcalde de Palenque es Jordy Carriel El poder legislativo del cantón es ejercido por el Concejo Cantonal de Palenque el cual es un parlamento unicameral que se constituye al igual que en los demás cantones mediante la disposición del artículo 253 de la Constitución Política Nacional.
[3] El cantón Palenque posee siete concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.
[3] Los miembros del concejo cantonal organizarán las distintas comisiones municipales conforme el COOTAD.