El Campeonato de Primera D «Fernando A. Araujo» 2016 fue la sexagésima séptima edición del torneo, quinta división del fútbol argentino en el orden de los clubes directamente afiliados a la AFA.
Los nuevos participantes fueron General Lamadrid y Juventud Unida, ambos descendidos de la Primera C. Por su parte, debido a que ningún equipo había sido desafiliado en la temporada 2014, no hubo reafiliado.
Se trató de un torneo de transición, por lo que se desarrolló exclusivamente en el primer semestre del año, con formato diferente del habitual, con el fin de volver a adecuar las competiciones del fútbol argentino al calendario del hemisferio norte.
El Porvenir se consagró campeón y obtuvo el único ascenso a la Primera C, a la vez que no se produjo ninguna desafiliación.
Los puntos obtenidos fueron tenidos en cuenta a partir de la siguiente.