El equipo fue fundado en 1995 componiendo sus primeras plantillas por jóvenes de la localidad y por fichajes de otros municipios.
Desde su debut en Tercera División es un club habitual en los puestos de cabeza llegando a disputar un total de 11 promociones a Segunda B o Segunda Federación, alcanzando la 2.ª ronda en cuatro ocasiones (2011, 2014, 2021 y 2024).
La presencia habitual del club en las promociones de ascenso ha llamado la atención de diferentes medios de comunicación[2] dado que Anguiano supera levemente los 500 habitantes.
En la temporada 2023-24, en su cuarta promoción de ascenso, el C. D. Anguiano consiguió superar las dos rondas regionales y la final nacional, ante el C. D. Ardoi y ascendió por primera vez en su historia a Segunda Federación.
El C. D. Anguiano contó con un filial, denominado C. D. Anguiano "B",[10] entre el 2006 y el 2012 que jugaba en Regional Preferente de La Rioja llegando a terminar en puestos de ascenso en 2 ocasiones.