En 1986 consiguieron su primer ascenso a Tercera División, encadenando 7 temporadas consecutivas en la categoría, siendo su mejor temporada la 1989-90, en la que acabaron en quinto lugar, permitiendo además que el equipo tomará parte de la edición de la temporada 1990-91 de la Copa del Rey cayendo en los penaltis frente al C. D. Mirandés en la ronda previa.
En 1989 se creó un equipo filial en la 1ª Regional de La Rioja conocido como C. D. Berceo Promesas,[1] que tras ascender a Regional Preferente de La Rioja en la primera temporada, desapareció al descender a dicha categoría el primer equipo en la temporada 1991-92.
En la temporada 2003-04 logró el ascenso de nuevo a Tercera División gracias a la creación del subgrupo riojano dentro del Grupo XV, donde permaneció dos temporadas.
Durante bastantes años existió una sección de balonmano que finalmente desapareció.
[4] En 1969 se creó una sección de baloncesto, en cuyo debut logró el título ligero, desapareciendo años después.