Primera Regional de Navarra 1963-64

Los cuatro primeros clasificados jugaron una fase de ascenso, con eliminatorias a doble partido, semifinales y final.

Los dos últimos clasificados descendieron directamente a Segunda Regional.

Los dos equipos ganadores de cada final obtienen la plaza competir en Tercera División.

Debido a que el Deportivo Alavés Aficionados no pudo ascender a Tercera División, se disputó una repesca entre el J. D. Mondragón y el C. D. Izarra para determinar el equipo que ocuparía la plaza de Tercera División.

La repesca consistió en una eliminatoria a partido único, en la que el equipo que ganase la final obtendría la plaza para Tercera División.