Participó en la guerra civil española en el bando republicano y fue hundido por el submarino alemán U-34 comandado por Harald Grosse.

El día 15 partió hacia el Cantábrico al mando del alférez de navío Arbona, junto con el C-6, regresando a Cartagena por averías.

Una llamarada y una nube de humo blanco habían precedido al hecho.

Tan rápido fue el suceso que ningún otro hombre pudo salir y 37 tripulantes murieron a pocas millas del puerto de Málaga, donde sus restos reposan hoy a 70 m de profundidad.

Todo indica que el C-3 fue hundido por el submarino alemán U 34 mandado por el Kapitänleutnant Harald Grosse dentro de la Operación Úrsula,[4]​ acción por la que Grosse fue condecorado con la Goldenes Spanienkreuz (Cruz Española de Oro).

Ambos fragmentos del submarino llegaron al fondo, una planicie de arena, quedando separados entre sí unos pocos metros.

[5]​ En los días siguientes a su hundimiento, las autoridades de la República enviaron buques a la zona para descubrir la posición en la que se había hundido el C-3, localizándola por las abundantes manchas de aceite que flotaban en la superficie.

Esta maniobra no tuvo éxito, debido a las grandes diferencias estructurales entre ambos tipos de submarinos.

La mala visibilidad de la zona y el estado en que se encontraban los restos impidieron la identificación del buque.