Nubes Blancas La historia comienza con Byleth y Jeralt rescatando a tres nobles jóvenes de una horda de bandidos, quienes son Edelgard von Hresvelg, Dimitri Blaiddyd y Claude Von Riegan, los tres jóvenes que gobernarán Fodlan en el futuro cercano.
Su primer rol como profesor es liderar a la casa escogida en un simulacro de batalla en donde el jugador solo podrá usar cuatro unidades.
En el quinto mes, Byleth y su clase son enviados a recuperar una Reliquia del Héroe robada por un antiguo noble desheredado por su familia.
Pero como este ladrón no posee un emblema compatible, se transformaría en un monstruo cuando la reliquia toma control de su cuerpo.
En el octavo mes, Byleth persigue al asesino de Jeralt y a Thomas hacia un bosque para acabar con sus vidas, pero cae en una trampa y Thomas (llamado Solon realmente) le lanza un hechizo que le manda a una dimensión de oscuridad eterna.
Las tres rutas que nos enfrentarán a Edelgard, nos hacen vivir un asedio dirigido por las fuerzas imperiales contra Garrech Mach.
En los cuatro casos, al final de la batalla, Byleth se caerá por una grieta y sería declarada desaparecida en combate.
Tal como lo prometió hace cinco años, Claude viaja al Monasterio para la reunión durante los festejos del milenio.
Se alían con los Caballeros de Seiros, dirigidos por Seteth, quienes están buscando a la Arzobispa Rhea, desaparecida en la batalla.
Edelgard se retira a Embarr herida de gravedad, y Claude tiene que tomarse un tiempo para reagruparse.
Para acabar con ellos de una vez, Claude lidera a su ejército contra su base secreta en un sitio subterráneo con tecnología acrónica llamado Shambala.
De regreso en el Monasterio, Claude y Byleth interrogan a Rhea quién les revela toda la verdad.
No obstante, mientras están hablando reciben la noticia de que un ejército desconocido está marchando hacia Garrech Mach arrasando todo a su paso.
Las fuerzas del Imperio, comandadas por Randolph Berglitz asaltan Garrech Mach para pacificar la zona y expulsar a los rebeldes, no obstante con una artimaña los lealistas consiguen derrotarlos.
Dimitri toma a este comandante e intenta torturarlo, no obstante Byleth le da el golpe de gracia para prevenirlo y liberarlo del sufrimiento venidero.
Con su ayuda, Byleth y los demás toman el Puente de Myrddin, abriéndose paso para atacar al Imperio.
A la mañana siguiente, este se disculpa con sus demás compañeros y les anuncia que piensa liberar al Reino del dominio imperial, marchando contra la capital de Fhirdiad, dominada por Cornelia.
Dimitri asume su lugar como Rey de Faerghus, uniendo a todo el Reino bajo su manto y su bandera.
Claude al parecer no tiene interés en seguir jugando en Fodlan, por lo que decide abandonar el continente, entregándole todos los territorios de Leicester, a sus caballeros, guerreros, barcos, ejércitos, banderizos y títulos respectivos.
Con esta fuerza, Dimitri toma el fuerte Merceus y se dispone a asaltar la capital de Embarr.
Cuando eran amigos en Fhirdiad, Dimitri le regaló una daga a Edelgard el día que abandonó la ciudad para volver al Imperio.
Edelgard mantuvo esa daga con ella hasta que durante la pelea con Dimitri en los tiempos de la Academia, esta se la cayó.
Con la Alianza parte del Imperio, ahora Edelgard se prepara para atacar el reino, buscando las caidas de las familias Blaiddyd, Fladarius, Gautier, Galatea, y Charon, ya que estas son las más leales.
Con la iglesia derrotada temporalmente Edelgard planea su invasion a Fhriddiad, pero esto es enrealidad una farza para crear confusion en el Reino.
En ella hay dos enemigos claves, Rodrigue, el segundo al mando del Reino, y Cornelia, una maga podersoa que es secretamente miembra de los Agarthans.
Byleth y sus estudiantes intentan aprovechar el momento para tomar un fuerte estratégico, pero es destruido por una lluvia de misiles, lo que los obliga a retirarse.
Rhea les dice que Alfriec tenía sentimientos por Sitri y busca revivirla, lo cual tendría consecuencias desastrosas.
Luego el grupo parte caminos con los Lobos, pero estos le dicen a Byleth que cuando los necesite, ellos estarán allá.
El diseño de los personajes fue manejado por Chinatsu Kurahara, quien es conocida por colaborar en Uta no Prince-sama y Tokyo Twilight Ghost Hunters.
Durante ese momento se dio una fecha prevista de lanzamiento para el 2018, sin embargo, no revelaron su nombre oficial.