Cuando Zanardi dejó el equipo inglés, Frank Williams escogió a Jenson Button en lugar de Junqueira como titular para la temporada 2000.Con cuatro victorias y un segundo puestos en diez fechas, consiguió el campeonato por delante de Nicolas Minassian.En 2001, sin conseguir butaca en la Fórmula 1, Junqueira se dirigió a Estados Unidos para debutar en la CART por el equipo Ganassi.Ese año fue 16.º y se coronó Novato del Año, con una victoria en Road America y dos cuartos puestos, a la vez que llegó quinto en las 500 millas de Indianápolis de la IndyCar Series.Junqueira era nuevamente candidato al título 2005 de la Champ Car, con un tercer puesto en Long Beach y una victoria en Monterrey.Eso le bastó para clasificar 25.º en Bump Day, pero abandonó en la octava vuelta de carrera.Junqueira ingresó al equipo Rocketsports de la American Le Mans Series, donde pilotó un Jaguar XK oficial toda la temporada 2011, primero con Cristiano da Matta y luego con amateurs.Logró solamente seis puntos en todo el año por un sexto puesto de la clase GT en Long Beach.Con la creación del nuevo Untied SPortsCar Championship en 2014, Junqueira continuó corriendo en la clase LMPC, ahora en el equipo Rocketsports.Junto a Duncan Ende, fue segundo en si clase en las 1w Horas de Sebring e Indianápolis y tercero en Laguna Seca, pero acumuló cinco abandonos en diez carreras.
