Los bosques de pino y encino están rodeados por bosques secos tropicales en elevaciones más bajas hacia el oeste, noroeste y sur; los bosques secos de Jalisco al oeste y suroeste; los bosques secos del Balsas al sur en la cuenca del Río Balsas, y los bosques secos del Bajío al noroeste en la cuenca del río Grande de Santiago y el bajo río Lerma.

Las comunidades de plantas varían con la elevación y la precipitación.

Los bosques de pino-abetal están compuestos casi en su totalidad por ocote blanco (Pinus hartwegii) y oyamel (Abies religiosa).

La chara transvolcánica (Aphelocoma ultramarina), el gorrión serrano (Xenospiza baileyi) y el rascador cejas verdes (Atlapetes virenticeps) son especies casi endémicas, limitadas a los bosques de pino-encino de la Cordillera Transvolcánica y el sur de la Sierra Madre Occidental.

[3]​ El zacatuche o teporingo (Romerolagus diazi) y el ratón de volcán mexicano (Neotomodon alstoni) son endémicos a la región.