Tuvo otros hermanos y hermanas:[1] Además, su padre tuvo una hija natural, Catalina de Mendoza (1542-1600) única mujer profesa jesuita.
Estudió en la Universidad de Salamanca, llegando a doctorarse en cánones, llegando a ser su rector.
Al ser nombrado su padre virrey de Nápoles, lo acompañó a esta ciudad y una vez en ella colaboraba con su padre en su acción como virrey, atendiendo, por ejemplo, a algunos carmelitas descalzos que eran alojados por el virrey en su viaje a Roma.
En 1581 fue nombrado junto a otros canónigos por el arzobispo de Toledo, Gaspar Quiroga para la formación de un seminario diocesano de acuerdo con las disposiciones del Concilio de Trento, participando al año siguiente como representante del cabildo en el Concilio Provincial de Toledo.
No debe ser confundido con su pariente y homónimo Bernardino de Mendoza, que en 1501 era canónigo de Toledo y dignidad de arcediano de Guadalajara.