Su prestigio hizo que Felipe II, en 1559, le nombrara su enviado para informarle de la situación de los distintos reinos del imperio español en Italia.

En 1563 regresó a la península ibérica donde fue nombrado miembro del Consejo Supremo de Justicia, Obispo de Cuenca en 1571 y, en 1573, Inquisidor general, función en la que se le recuerda por haber liberado a Fray Luis de León.

A la muerte del arzobispo de Toledo, Bartolomé Carranza en Roma, el rey Felipe II pensó en un clérigo anciano y manejable para ocupar el cargo y nombró a Quiroga, arzobispo de Toledo en 1577.

Un año más tarde el Papa Gregorio XIII le concedió el capelo cardenalicio, con el titulus de Santa Balbina.

La longevidad de Quiroga (aguantó casi 18 años al frente del arzobispado) desesperó al rey, pues pensaba asignar el cargo y sus gigantescas rentas a su sobrino Alberto de Austria y tuvo que esperar mucho más de lo previsible.