Su misión era ayudar en la reconstrucción de la alianza entre Gran Bretaña y Austria y tratar de alentar al emperador Francisco II a declarar la guerra a Francia, lo que hizo el emperador en abril.
Bathurst dejó inmediatamente su habitación, seguido poco después por Krause, quien se sorprendió al no encontrar a Bathurst en el tílburi cuando llegó y de hecho no le encontró por ninguna parte.
Además, los asesinatos y los robos eran tan comunes que la pérdida de un viajero comercial (bajo cuya falsa identidad viajaba Bathurst) apenas se notaba, especialmente dado que en aquellos tiempos apenas existían autoridades legales en Prusia.
La noticia de la desaparición de Bathurst no llegó a Inglaterra en varias semanas, hasta que Krause logró llegar a Hamburgo y tomar el barco para Inglaterra.
Una vez se le notificó la desaparición de Bathurst, había movilizado a sus tropas en una búsqueda enérgica, aparentemente trabajando en la suposición inicial de que el hombre desaparecido lo había hecho por voluntad propia.
Entonces viajó a Berlín y después a París (bajo un salvoconducto especial pues entonces Gran Bretaña y Francia estaban en guerra) para ver al propio Napoleón, esperando obtener de él algo sobre el destino de su marido.
La parte posterior del cráneo mostraba una fractura como por el golpe de un instrumento pesado.
Una investigación detallada realizada por el escritor Mike Dash publicada en Fortean Times en 1990 concluyó que los detalles presuntamente misteriosos de la desaparición de Bathurst habían sido muy exagerados con los años, y que Bathurst casi ciertamente fue asesinado.