Siglos más tarde los árabes levantarían sobre ella Benihazram o Aben Hazarani, núcleo musulmán reconquistado por las tropas cristianas en el siglo XIII y del que ha evolucionado finalmente el Beniaján de nuestros días.

El pueblo de Beniaján se encontraba originariamente junto al lugar donde hoy se produce la confluencia del Guadalentín y el Segura, en el paraje denominado 'El Viñazo', un enclave frecuentemente asolado por las riadas; ello motivó que, desde la Reconquista hasta bien entrado el siglo XVI, se produjera un lento y paulatino traslado del núcleo urbano hasta el emplazamiento que hoy ocupa, algo más elevado.

Durante el tiempo que estuvo en vigor la Constitución de Cádiz, así como a partir del Trienio Liberal y hasta mediados del siglo XIX, Beniaján pudo disfrutar de la siempre ansiada autonomía municipal, independencia que acabó perdiendo definitivamente por las fuertes presiones económicas ejercidas desde la capital.

En 1863 llega a Beniaján el ferrocarril, impulsando un desarrollo económico de la localidad sin precedentes en toda la Región.

Solo la guerra civil española supuso un punto de inflexión en esta pujanza que llega hasta nuestros días, donde una enriquecedora trayectoria comercial y cultural avanza en paralelo al desarrollo industrial y social del Beniaján de hoy.

Sin embargo, el crecimiento urbano está llegando a cotas consideradas por los grupos ecologistas como insostenible, y la tradicional huerta de Beniaján viene sufriendo sus efectos.