Luego, los franceses entraron a Juchitán atacando por la parte norte a la altura del Callejón pipi', no se dio la batalla entre los zapotecas, apoyados por el Batallón Zaragoza, y el Cola del Diablo y sus aliados, resultando muchos muertos y heridos por ambas partes de manera que los comandantes mexicanos se vieron obligados a aplicar la táctica de "Tierra Calcinada".

El pueblo fue instruido a evacuar rápidamente con armas, víveres y cualquier cosa que pudiera servirle al enemigo hacia Rancho Gubiña (actualmente Unión Hidalgo).

Luego, quemar todo a su paso para evitar que las fuerzas imperiales encontraran provisiones.

Los republicanos instalaron su Cuartel General en Pozo Peralta,[3]​ en tanto que los franceses, ya en posesión del pueblo, se acuartelaron en el templo de San Vicente Ferrer, para desde lo alto del campanario observar todo alrededor; desde donde posteriormente vieron al conservador Remigio Toledo, quien con sus hombres se retiraba debido a la gran cantidad de muertos sufrida el día 4 de septiembre a manos de los zapotecos.

El general Prieto, al mismo tiempo, notó que los juchitecos se desprendían alrededor de los costados norte, sur y este del centro y lo sitiarían en cuestión de minutos, así que tanto por presión cuanto por falta de alimentos, optó por dictar la retirada.