Inicialmente, se consagró para el culto arriano, al ser construido por orden del rey ostrogodo Teodorico el Grande en 505; tras la conquista bizantina (540) fue habilitada para el culto católico (en la época no se había producido aún la separación de las iglesias oriental y occidental).
En esa ocasión también se cambió la consagración a San Martín de Tours, santo famoso por su lucha contra la herejía, y solo más adelante se asignó la denominación del primer obispo de Rávena San Apolinar.
Sin embargo, no pertenecen a la misma época: los hay del periodo de Teodorico y otros pertenecientes a la reestructuración ordenada por el obispo Agnello, cuando se consagró el edificio al culto cristiano católico.
Las paredes de la nave central están divididas en tres zonas bien diferenciadas por su decoración.
La escena de Cristo separando las ovejas de las cabras recuerda la del Buen Pastor del Mausoleo de Gala Placidia, aunque haya notables diferencias (no había pasado aún un siglo): las figuras ya no están situadas en un espacio en profundidad, sino que aparecen colocadas unas sobre otras, con muchas simplificaciones (algunos animales ni siquiera tienen patas).
[2] La parte central cuenta con recuadros entre las ventanas que enmarcan sólidas figuras de Santos y Profetas con túnicas sombreadas que, a pesar del indefinido fondo dorado, se sitúan en un plano prospectico.
A la izquierda, las teselas del mosaico componen la figura de tres embarcaciones alineadas verticalmente, amarradas en el agua azul y tranquila del puerto, en una insólita prospectiva "a vista de pájaro", que destaca la amplitud.