En septiembre de 2000, recibió pequeñas modificaciones tanto interior como exteriormente.

Solo existe una unidad M5 e39 touring en Alemania, no se llegó a comercializar.

[2]​ En mayo de 1995 BMW publicó las primeras fotos oficiales del E39.

Varios modelos estaban disponibles en los niveles de acabado Sports o Executive.

Los modelos diésel con el motor M51 estaban equipados con la transmisión ZF 260Z de 5 velocidades, mientras que los modelos diésel M57 estaban equipados con la transmisión ZF 390 (S5-39DZ) de 6 velocidades.

Todos los demás modelos de seis cilindros estaban equipados con transmisiones de 5 velocidades, ya sea la transmisión GM 5L40-E (A5S360R), GM 5L40-E (A5S390R), o ZF 5HP19 (A5S325Z), dependiendo del año y modelo.

La rigidez torsional se incrementó con respecto al E34 en un 40 por ciento, lo que reduce la flexión de la carrocería y permite que la suspensión funcione con mayor precisión, mejorando también la calidad de conducción.

La proporción de componentes del chasis que utilizan aluminio aumentó significativamente para el E39.

La suspensión trasera consiste en un diseño de cuatro eslabón (llamado "Z-link"), que es similar al sistema utilizado por la Serie E38 7.

El sistema está controlado por dos sensores de efecto Hall en la parte trasera del vehículo.

Durante el funcionamiento normal, el sistema permanece en línea, pero no se ajusta a condiciones como baches.

La protección 540i está clasificada para soportar el impacto del fuego de la pistola hasta e incluyendo .44 Magnum,el vidrio también está protegido contra ataques con objetos contundentes como bates de béisbol y ladrillos.

Los modelos E39 facelift (también conocidos como LCI) comenzaron la producción en septiembre de 2000 (para el año modelo2001).