Su mejor clasificación fue el subcampeonato en la temporada 1960-61, lo que le permitió disputar la promoción de ascenso a Primera división, pero fue derrotado por el Elche C. F. Descendió a Tercera división en 1968.Aunque la solución de fusión fue inviable debido a la elevada cantidad adeudada de la Asociación Deportiva, se optó por una fusión encubierta, en la que se conservó la plaza del Atlético, y se traspasaron directivos, equipo técnico y jugadores del primero a este.Aun así, aunque oficialmente la plaza continuara siendo del C. Atlético de Ceuta, los dirigentes del nuevo equipo pretendían que durante esta campaña fuese conocido por los aficionados como Asociación Deportiva Atlético de Ceuta (A.D.A.En un principio se barajó la posibilidad de que fuese Sociedad Deportiva Ceuta, recordando al antiguo equipo con el mismo nombre del que fue origen este club, pero a última hora se decidió que el nombre fuese Agrupación Deportiva Ceuta Fútbol Club (A.D.Pretendieron recuperar el nombre de la desaparecida en 1991 Agrupación Deportiva Ceuta, pero añadiéndole la coletilla F.C.[5] Durante la temporada 2020/21, en la transición entre Segunda B, Tercera División y Regional Preferente con el nuevo sistema de divisiones (Primera Federación, Segunda RFEF y Tercera RFEF), el Ceuta consiguió subir de Tercera División a Segunda RFEF en los Playoff de ascenso, derrotando al CD Ciudad de Lucena y al Xerez CD en las eliminatorias disputadas.Como continuación al éxito de la temporada 20/21, al siguiente año (temporada 21/22) el club consigue ascender de nuevo de Segunda RFEF a Primera Federación, consiguiendo el ansiado ascenso en los playoff disputados en Alcoy y Elda, en los cruces frente al Club Deportivo Artístico Navalcarnero primero y finalmente en la final frente al Unión Adarve, ambos ganados por 2-0.[6] La Agrupación Deportiva Ceuta Fútbol Club juega sus partidos como local en el estadio Municipal Alfonso Murube.
