Astyanax mexicanus

Morfológicamente, se puede distinguir dos poblaciones principales de Astyanax mexicanus: la población de superficie que presenta un aspecto similar al de peces que viven en la zona demersal, y la población cuyo hábitat natural son las cuevas sumergidas cercanas a la costa.Todos estos rasgos responden a un fenotipo troglomórfico, es decir, fenotipo propios de animales cuyo hábitat se encuentran en zonas de oscuridad como cuevas o zonas abisales.Realiza migraciones a lugares más cálidos durante el invierno.Por otro lado, permite poner en práctica ciertas técnicas de genética molecular, como la microinyección de RNA mensajero para comprobar efectos alélicos en un embrión en desarrollo o la transgénesis basada en meganucleasas y transposasas.La falta de pigmentación y la degeneración ocular son los más conocidos.Estas han recibido distintas migraciones provenientes de las poblaciones de superficie que presentan fenotipos intermedios entre ambas poblaciones (observar imagen), lo cual supone un límite del flujo de genes entre ambas poblaciones.[4]​ Sin embargo, la secuenciación el individuo de la cueva Pachón presentaba dos problemas.En primer lugar, utilizaron una técnica de secuenciación de lectura corta, lo que hacía que, pese a haber encontrado muchos genes e intervalos genómicos relevantes, se perdiese mucha información.