Los vestigios que aún se encuentran en este antiguo yacimiento de plata, dan cuenta de que Huantajaya fue una mina explotada en distintos períodos, siendo ya trabajada en período Inca, los cuales atribuían esta riqueza mineral un tesoro oculto del Sol.

[3]​ Las evidencias más antiguas de ocupación pertenecen a piezas cerámicas y textiles casi perfectamente conservadas.

[2]​ Posteriormente, con la conquista española, estas tierras pasaron a pertenecer al corregimiento de Arica y después al de Tarapacá (segunda mitad del siglo XVIII).

A esto se suma además, las difíciles condiciones que presentaba el desierto naturalmente para poder explotar el mineral.

[6]​ El poblado de Huantajaya alcanzó un desarrollo urbano bastante importante gracias a la explotación minera durante los siglos XVIII y XIX, sin embargo, a finales del siglo XIX producto de la decadencia de la plata, su población fue abandonando el lugar lentamente hasta quedar completamente abandonado.