Durante el largo asedio de más de cinco meses la ciudad sufrió numerosos bombardeos que causaron muchos daños y muchas bajas entre las fuerzas constitucionalistas que la defendían.

Además, en el resto de Navarra las milicias realistas se habían intensificado desde que comenzó el año y, en aquellos momentos, habían llegado a cercar la ciudad de Estella, por lo que no podían esperar mayores refuerzos.

En este desfavorable clima para Chapalangarra, la División Real de Navarra del Gral.

A tal llegó la situación, que cuando el Virrey Carlos se dirigió a Zaragoza, el conde España obligó al conde de Molitor a acompañarlo con su 5.º Cuerpo entero, reforzado por los cazadores de Marne y los husares de Meuse para apoyar y vigilar al infante español, mientras que designó al general Conchy para las acciones militares directas en Pamplona.

Se ha relatado cómo treinta vecinos fueron expulsados de la ciudad durante los cuatro primeros días del asedio, y se cuentan en ciento treinta familias que abandonaron la ciudad entre los meses de abril y julio.

El periódico realista El Restaurador recogería en su publicación del 5 de septiembre como desde hacía 3 días Pamplona era un infierno, habiéndose dado el día anterior bombardeos desde las 4 de la mañana, durante los cuales, hasta el mediodía habían dejado caer ciento noventa y cinco bombas que habían penetrado exitosamente la ciudad, dañando considerablemente los edificios.

Un oficial realista, enlace con las fuerzas de Vitoria escribiría que los últimos bombardeos se habían saldado con sesenta y seis casas destruidas, tres monasterios destruidos y la Catedral de Pamplona dañada.

Además, dos soldados prófugos de la ciudad aseguraban desconocer el número de muertos, pero aseguraban saber que habían muerto religiosos y ciudadanos debido a bombas y a la hambruna.