La actividad de la fundación consiste en el mantenimiento del patrimonio cultural y la obra social que anteriormente desarrollaba la caja.

[2]​ Como consecuencia de perder su negocio financiero, Caja Navarra tuvo que convertirse en una fundación.

En 2010 se integró mediante el mecanismo legal denominado Sistema Institucional de Protección (SIP), también llamada "fusión fría", en Banca Cívica.

[11]​ Inicialmente, Caja Navarra tenía el 29,1% del capital social de Banca Cívica.

[12]​ Tras la salida a bolsa del nuevo banco, Caja Navarra se quedó con el 16,1%.

CaixaBank decidió mantener el nombre "can" junto al logotipo de la entidad catalana en las oficinas del ámbito de la Navarra; aunque a efectos prácticos, CaixaBank era la que ofrecía todos los productos y no había ninguna diferencia con cualquier otra oficina operada bajo la enseña "la Caixa".

[16]​ Como consecuencia de perder su negocio financiero, Caja Navarra tuvo que convertirse en una fundación.

[7]​ Caja Navarra se había convertido en uno de los símbolos sociológicos de Navarra y su desaparición en un proceso paulatino, tuvo un gran impacto social en el que, cada vez con mayor intensidad, surgieron críticas que plantearon que la deficiente gestión había provocado este colapso.

Numerosas informaciones periodísticas se hacían eco, cada vez más, de situaciones que indignaban, referidas a supuestas malas prácticas, derroche, sueldos millonarios, centrándose en su director Enrique Goñi y en los cargos políticos que se entendía que habían colaborado en esta desaparición.

En 2013, la asociación Kontuz, entre otros, denunció penalmente irregularidades, implicando directamente a Enrique Goñi y al expresidente de la Comunidad Foral, Miguel Sanz Sesma[18]​ en la gestión de la caja.

El llamado «caso Caja Navarra» fue en parte la causa de la dimisión del congresista popular Santiago Cervera, quien —según su versión— tras recibir un correo electrónico anónimo recogió un sobre que debía contener información sobre la corrupción de la CAN.

[25]​ El periodista pamplonés Joxerra Senar ha profundizado en la investigación de estos escándalos financieros, sobre los que ha escrito su libro CAN: y aquí no ha pasado nada.

También puso en marcha un servicio de voluntariado (Volcán) para poner en contacto a esas asociaciones con los ciudadanos.

Se afirmaba que era la única del mundo que informaba a cada cliente de cuánto dinero ganaba con él cada año y de cuánto estaba entregando al proyecto social elegido.

[29]​ Caja Navarra pretendía que sus oficinas fueran espacios de encuentro disponibles para el barrio.