Durante un siglo solamente la República de Venecia opuso resistencia, ya que mantenía importantes posesiones en la zona.

Según el bailío veneciano en Constantinopla José Nasí, Lala Kara Mustafa Pasha y Pialí Bajá lo alentaban a apoderarse de la isla.

Entre mucha gente cundió la sospecha de que José Nasí envió unos sicarios para provocar la explosión.

Venecia había conseguido la promesa de 60 galeras españolas al mando del genovés Andrea Doria que se reunirían en Mesina con la flota aliada; Malta participaría con cinco galeras y el Papa equiparía 12.

Reclutó a todos los hombres capaces de luchar y preparó la ciudad para el asedio.

En julio Lala Mustafá desembarcó en Pafos tropas que fueron rechazadas por la guarnición de la ciudad.

La flota descendió a Lánarca donde pudo desembarcar sin resistencia ya que Dandolo y Rocha no querían ninguna confrontación en campo abierto.

Las autoridades venecianas no supieron cómo reaccionar y en algunas plazas hubo escaramuzas y castigos ejemplares- como en Lefcara, cerca de Limasol- lo cual propició aún más la predisposición favorable de la población local ante los invasores otomanos.

Aquel día murieron 20.000 personas y unos 2.000 jóvenes de ambos sexos fueron hechos esclavos.Con el botín embarcado, una mujer nombrada en las crónicas como María Sinclitikí o Arnalda hizo saltar el barco de Mustafá por los aires arrastrando a otros dos barcos a la catástrofe y perdiéndose gran parte del botín y de vidas.

Pasados unos días, Mustafá dio su primera orden: construir una fortificación desde la que 74 cañones, 4 basiliscos e innumerables piezas de artillería empezaron a bombardear la villa.

Sin embargo, ante la incredulidad de todos, la flota cristiana se bate en retirada.

Quirini logra desembarcar 1600 hombres y una carga de alimentos; además, saquea varios barcos turcos.

[10]​ Desesperado, Bragadino, expulsa de la ciudad a 8.000 civiles que, sorprendentemente, son respetados por Mustafá.

[10]​ Baglione envía una galera a Mesina con una carta para don Juan de Austria.

Llega a derrumbarse el bastión norte que solo es defendido por dos compañías de soldados chipriotas con solo unas culebrinas.

[10]​ Lala Mustafá comenta en uno de sus informes al Sultán: “Famagusta es una ciudad defendida no por hombres, sino por gigantes.

Bragadino pide dos semanas para enviar una fragata a Creta en busca de apoyo.

Es muy posible que Mustafa actuó así con Bragadino porque enfurecido al constatar que sus 250000 hombres habían sido tenidos en jaque por muchos meses por apenas unos miles de soldados venecianos bajo el mando decidido del veneciano: el posible ridículo frente a sus superiores lo irritó.

Él mismo decapitará a Baglione, cuya cabeza muestra entre sus manos gritando: ¡Contemplad al defensor de Famagusta!

Al parecer Mustafá se tomaba venganza de las palabras que Bragadino le dirigió en una ocasión: “Un día nuestra armada llegará y tu ejército y tu flota quedarán destruidos; entonces te haré caminar delante de mi caballo y acarrear sobre tu espalda la tierra con la que has llenado nuestro foso”.

En los reinos cristianos, Lepanto causó una oleada de triunfalismo; sin embargo la campaña de 1572 no fue productiva y la Liga se disolvió al año siguiente, cuando Venecia se vio obligada a firmar un nuevo tratado con el Sultán por el que pagaba 300.000 ducados que había costado la expedición a Chipre, quedando liberada de los 8.000 ducados anuales que había pagado como tributo anual.