En 1931, Villanueva se inscribió en el Partido Aprista Peruano, en la base del distrito de Miraflores.

En 1943 regresó al Perú junto a Carlos García Ronceros, juntos radicaron en Arequipa, donde apoyaron la conformación del Frente Democrático Nacional (FDN), cuya organización había sido encargada por Víctor Raúl Haya de la Torre a Ramiro Prialé.

Ese mismo año retornó clandestinamente al Perú para impulsar la organización partidaria.

[2]​ Al ser miembro del Partido Aprista Peruano, Villanueva inicia su carrera política en 1963 cuando fue elegido como diputado de la república por Lima Metropolitana.

Al iniciarse la dictadura de Velasco, Villanueva dirigió la oposición del aprismo, siendo su secretario colegiado, hasta su destierro en 1975.

Fue aquí donde también participó Alan García a la presidencia de la república siendo luego elegido para el periodo presidencial 1985-1990.

En las elecciones parlamentarias de 1990, Villanueva postula nuevamente al Senado por el APRA y resulta reelegido con 73,685 para el periodo 1990-1995.

Villanueva formó parte de la oposición a la medida y durante las protestas contra el ilegal cierre del Congreso, fue atacado por bombas lacrimógenas.

Apoyó al Segundo gobierno de Alan García e incentivó la reestructuración del aprismo.

[15]​ Villanueva fue trasladado a la Universidad Nacional Federico Villarreal, donde tuvo un breve homenaje, luego hasta la Plaza de Armas, donde la alcaldesa Susana Villarán y el presidente Ollanta Humala[16]​ saludaron el féretro reconociendo su fructífera vida política.

Posteriormente, el cortejo se dirigió al Congreso de la República donde fue homenajeado por diversos políticos.