Se centró en tener un fuerte control de las zonas inmediatas a su señorío mientras que también mantuvo una fuerte influencia en el cercano señorío de Vizcaya, del cual era tesorero mayor y en donde protegía al bando oñacino.

Tras la muerte de Isabel I, su padre se posicionó en contra de Fernando II y a favor de Felipe de Habsburgo, lo que perjudicó a la familia hasta el 1516 que Antonio pudo hacer valer los servicios prestados a Carlos I Cuando tras la muerte de Fernando II, se produjo el levantamiento del bando agramontés y la inquietud del bando agramontés, aunque ni la nobleza se movilizó, ni el levantamiento recibió el apoyo de Francia, por lo que en mayo del 1516 el destacamento del coronel Villalba sofocó la rebelión.

[2]​ Tras esto se dirigió a Segovia para pedir ayuda a los condestables de Castilla aduciendo que había tenido que redirigir muchos soldados y artillería a los esfuerzos militares contra los comuneros, aunque también es cierto que su heredero centró las fuerzas de la casa en restablecer su autoridad señorial en Nájera y ayudar a sus vasallos alaveses amenazados por el conde de Salvatierra.

[1]​ Tras la movilización de las fuerzas castellanas y la posterior victoria frente a los franceses en la batalla de Noáin el 30 de junio del mismo año, en la que destacó el condestable castellano más que el virrey navarro, fue inmediatamente sustituido como virrey por Francisco de Zúñiga Avellaneda y Velasco, quien ya había protestado cuando fue nombrado aduciendo a su inclinación en los bandos pero también porque ambicionaba al puesto.

[1]​ Tras su cese como virrey, su inercia banderiza junto con la enemistad con la Casa de Velasco explica su eclipse político hasta su muerte en 1535, aunque siguió asistiendo a Cortes.