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Probablemente los incas situaron un centro gubernamental en este valle porque habían formado una alianza con los diaguitas o estos fueron quienes pusieron menor resistencia a la conquista en comparación a los nativos de Copiapó o los promaucaes del centro de Chile.

Se presume que la tradición política andina de dividir los valles en dos zonas, el alto y el bajo, se origina antes de la conquista inca, pero es en la época que los cusqueños logran dominar la zona del norte chico y centro de Chile que esta costumbre se profundiza.

[8]​ Es así como el valle de Coquimbo estuvo dividido en dos zonas,[9]​ la baja (Coquimbo), donde se encontraba el gobernador más importante o el grupo "invasor" y la alta (Elqui) donde era desplazado el grupo humano derrotado o asimilado a la cultura inca.

Hacia el norte, en Copiapó, Aldequín habría señoreado la parte baja del valle y Guanelica la alta.

Según Ruben Stehberg en su investigación "Instalaciones incaicas en el norte y centro semiárido de Chile" se pudo identificar en el valle de Coquimbo (Elqui) y la cuenca de Santa Gracia un establecimiento minero en el cerro Brillador, a lo menos cuatro cementerios en la parte baja del Valle del Elqui, dos campamentos mineros y un poblado.