Tuvieron ocho hijos:[1]​ En un primer momento, Amalia se encontraba incómoda en su nuevo hogar.

En 1801, la margravina y su esposo visitaron a su hija, Luisa, en Rusia, y después a su segunda hija, la reina de Suecia, Federica, en septiembre de 1801.

Durante una visita a la corte sueca, Amalia fue descrita como una mujer ingeniosa, inteligente, leal y totalmente dominante de su marido.

Durante este período, Amalia se convirtió en una gran amiga de la duquesa Carlota de Holstein-Gottorp, que no era del agrado del rey, su yerno, y reprendió a su hija sobre sus modales rígidos y poco amistosas en público.

Amalia, hostil a Napoleón, intentó en un primer momento evitar el matrimonio de su hijo con una sobrina de Bonaparte, y más tarde con Estefanía, que era su hija adoptiva.

En 1809, recibió a su hija Federica y su familia tras la deposición de su yerno del trono sueco.