Cuando se usa sin calificar, el término amígdala comúnmente se refiere específicamente a las amígdalas palatinas, que son dos órganos linfoides situados a ambos lados de la parte posterior de la garganta humana.

Sin embargo, son más grandes en relación con el diámetro de la garganta en los niños pequeños.

Las amígdalas son órganos inmunocompetentes que sirven como la primera línea de defensa del sistema inmunológico contra patógenos extraños ingeridos o inhalados y, como tales, con frecuencia se llenan de sangre para ayudar en las respuestas inmunes a enfermedades comunes como el resfriado común.

Luego, estas células M alertan a las células B y T de la amígdala de que hay un patógeno presente y se estimula una respuesta inmunitaria.

[6]​ Las células B se activan y proliferan en áreas llamadas centros germinales en la amígdala.