Para entonces, el músico mostraba una inusitada facilidad técnica en su instrumento y había desarrollado un estilo de ejecución muy personal.

Tras abandonar Weather Report, Johnson decidió concentrarse en su propia carrera como solista, grabando Yesterday Dreams en 1976, un álbum que vería su continuación un año más tarde con Spellbound.

Durante 1998 y 1999 formó parte del grupo Jazz Is Dead, junto a Billy Cobham.

Entre los numerosos artistas con quien Alphonso Johnson ha colaborado, podemos citar a: Chet Baker, Santana, Weather Report, The Crusaders, Bob Weir, Chuck Mangione, George Duke, En Vogue, Wayne Shorter, Sérgio Mendes, Tony Williams, Joe Williams, Gregory Hines, Neal Schon, Tom Coster, Dee Dee Bridgwater, Eric Gale, Ronnie Foster, Allan Holdsworth, Cannonball Adderley, Stanley Clarke, Woody Herman, Eddie Henderson, Flora Purim, Quincy Jones, Lee Ritenour, Phil Collins, Tom Scott, Steve Khan, The Whispers, John McLaughlin, Jeffrey Osborne, Sarah Vaughan, Dori Caymmi, Pino Daniele, Carl Anderson, Jeff Beck, Jan Hammer o Jimmy Page.

La entrada de Johnson en Weather Report sustituyendo al virtuoso contrabajista Miroslav Vitous, supuso un nuevo sonido para la banda, más moderno, afilado y funky..