Su hijo Jack siguió sus pasos y aprendió la ejecución del instrumento de percusión desde su infancia, convirtiéndose en un reconocido baterista en su natal Norristown.

[9]​En una entrevista de 1983, Pastorius relató este suceso: «Tras romperme la muñeca, no pude volver a tocar con las baquetas.

De los trece a los diecisiete años no pude sacar ni un solo sonido.

Gregory le puso este apodo en referencia a la incansable energía que tenía de niño.

Más tarde, Pastorius estableció su compañía editora musical con el nombre de Mowgli Music.

El daño fue tan grande que requirió una cirugía correctiva y restringió su habilidad para tocar la batería.

Él también participó en varias grabaciones locales de R&B y jazz, como por ejemplo, algunas con Little Beaver e Ira Sullivan.

En 1975 comenzó a hacerse más reconocido, cuando graba el disco Bright Size Life acompañando al guitarrista Pat Metheny, y permanece algún tiempo como bajista del grupo Blood, Sweat & Tears.

Pese a la explicable resistencia inicial de Zawinul, finalmente Pastorius logró que escuchara una cinta con su música.

Jaco tocó con Weather Report desde 1976 hasta 1981, grabando álbumes y realizando giras por distintos países del mundo.

Después de dejar Weather Report, Jaco formó su propia banda, Word of Mouth, con la cual también grabó varios discos y realizó numerosas giras hasta el año 1983.

Así que Jaco rehusó tratarse, cayendo en una espiral de conflictos familiares y conductas autodestructivas.

Incluso el famoso bajo Fender Jazz Bass que Jaco utilizó tanto tiempo, le fue sustraído mientras jugaba un partido de baloncesto en las canchas de la calle 54 en Nueva York, ya que acostumbraba a dejarlo apoyado en un banco sin prestarle atención mientras jugaba.

Pocos días más tarde, Pastorius sufrió un derrame cerebral que acabó con su vida.