Mantuvo una estrecha relación política y sentimental con el dirigente peronista John William Cooke.

[3]​ En 1946, conoció a John William Cooke en un centro de estudios que dirigía Ricardo Guardo.

Después de ese fugaz encuentro no se vieron sino hasta 1955.

Poco tiempo después del nacimiento de su único hijo se separaron.

[4]​ Al ser puesta en libertad, viajó a Chile para reunirse con Cooke, que se había fugado del penal de Río Gallegos junto con Héctor Cámpora, Guillermo Patricio Kelly y el empresario Jorge Antonio.

[3]​ En 1957, viajaron juntos a Caracas para encontrarse con Juan Domingo Perón en el exilio.

Ese año, Eguren suplantó a Cooke en la coordinación estratégica del peronismo en la resistencia.

En esa dirección, el nacionalismo comenzó a configurarse como una variable significativa en el interior de la «nueva izquierda», que intentó distanciarse de los tensos debates que provocó la confrontación entre la Unión Soviética y China.

En algún lugar desconocido el cadáver del Comandante Segundo empuña un fusil herrumbrado».

[5]​ Poco después, Eguren y Cooke fundaron la Acción Revolucionaria Peronista.

Entre 1971 y 1972, Eguren publicó los trabajos de Cooke, incluyendo la correspondencia entre Perón y Cooke (principalmente, porque adquirieron una inmensa vigencia), pero ella continuó trabajando en delinear la Tendencia Revolucionaria (una rama del peronismo).

[6]​ El 4 de octubre de 1971 publicó su Carta abierta a Perón, e inició su participación en el semanario Nuevo Hombre, publicación dirigida por Enrique Walker y en la que escribían Antonio Caparrós, Nicolás Casullo, Pablo Damiani, Eduardo Luis Duhalde, Vicente Zito Lema, Rodolfo Ortega Peña y varios militantes presos en la cárcel de Villa Devoto (como Armando Jaime y Mario Franco).

Aunque estrechó sólidos vínculos con el PRT-ERP, en 1975 apoyó la iniciativa que dio forma al Partido Peronista Auténtico.