Su consultorio en Guayaquil contaba entre sus clientes a los expresidentes León Febres Cordero y Sixto Durán Ballén, así como otras figuras públicas de la política ecuatoriana.

Gutiérrez vistió traje verde para recordar al elector la expulsión de Mahuad y rememorar gobiernos militares del pasado.

Gutiérrez asignó a la Vicepresidencia el área social, ciencia y tecnología, la prevención de desastres naturales, la planificación y le permitió designar el ministro de Salud (fue nombrado Francisco Andino, quien renunció meses más tarde, en pugna con Palacio).

Los presupuestos anuales del gobierno entregaban exiguas partidas a estos proyectos, los cuales no pudieron avanzar.

Grupos sociales que antes se identificaban con Palacio tomaron distancia del vicepresidente y del gobierno y organizaron un movimiento que participó en elecciones con el nombre de Movimiento Blanco (Su dirigente era el exministro Francisco Andino).

La sesión del Congreso había sido convocada expresamente por Gutiérrez para descabezar la Función Judicial: El diputado del MPD, Luis Villacís, leyó la resolución elaborada con base en una interpretación jurídica elaborada por el asesor jurídico presidencial.

En aquella ocasión, Palacio advirtió que debía rectificarse, pues la decisión había concentrado todas las funciones del Estado, directa o indirectamente, en la persona de Lucio Gutiérrez, instalándose una dictadura.

Textualmente había dicho que: "Cuando se producen rupturas constitucionales es necesario rectificar con urgencia.

Los acontecimientos de las últimas horas merecen esta atención"[11]​ Cuando la nueva Corte Suprema, bautizada como Pichi-Corte, ordenó la anulación de los juicios contra Abdalá Bucaram y otros políticos ecuatorianos exiliados en el Caribe, la ciudadanía salió a protestar en mayor número.

Palacio entonces había tomado ya partido por la oposición y culpó a Gutiérrez por la instalación de la Corte: "No es posible negar que la Corte y tribunales cuestionados tienen su origen en la sesión extraordinaria del Congreso del 8 de diciembre que usted convocó.

Esto motivó una protesta relámpago realizada en la noche del mismo día, organizada por una radio capitalina de gran importancia llamada La Luna.

Esta denominación se convirtió en contraseña de orgullo y protesta contra el régimen gutierrista.

El miércoles 20 de abril, el Congreso Nacional suspendió su reunión en su edificio habitual (El auditorio del Banco Central del Ecuador, debido a que el Palacio Legislativo se incendió), para reiniciarla en CIESPAL (Centro Internacional de Estudios Superiores en Periodismo para América Latina, organización no gubernamental), donde procedieron a reemplazar al Presidente del Congreso (también afín a la gestión de Gutiérrez) y a resolver que Lucio Gutiérrez había abandonado su cargo como Presidente al violar la Constitución al interferir en otras funciones del estado.

En su discurso inaugural, prometió retomar la agenda izquierdista abandonada por Lucio Gutiérrez, llevar a cabo la reforma política ofrecida por gobiernos anteriores para eliminar la injerencia política en la administración de justicia y priorizar la inversión social por sobre el pago de la deuda externa, siendo la frase más recordada de su discurso: "Hoy refundamos este país, (...) un país que abra las blancas escuelas, los limpios hospitales...".

Palacio recibió apoyo en su ciudad natal[18]​ y después se dedicó a implementar una reforma política que incluía armar una nueva Corte Suprema, independiente de partidos e intereses.

[22]​ Su ministro de Economía, Rafael Correa, propuso eliminar el fondo petrolero FEIREP y sustituirlo por una cuenta especial en el presupuesto, denominada CEREPS.

Borja también insistió en que en el reglamento de la Ley no se diluyera la participación del Estado en los ingresos petroleros.

Envió un pliego de preguntas al Congreso para buscar la autorización a consulta popular.

Pidió al Tribunal Supremo Electoral (TSE) convocar a una consulta para la instalación de una Asamblea Constituyente.