En 1859 fue elegido Soberano Gran Comendador del Supremo Consejo de grado 33 para la Southern Jurisdiction (‘Jurisdicción meridional’), una de las dos divisiones orgánicas del Rito Escocés Antiguo y Aceptado en los Estados Unidos, que ejerció hasta su fallecimiento.
Como oficial, participó en la invasión a México y por los Estados Confederados de América, durante la guerra civil estadounidense.
Es autor de la obra Morals and Dogma of the Ancient and Accepted Scottish Rite of Freemasonry (Moral y Dogma del Rito Escocés Antiguo y Aceptado de la Francmasonería) escrita en 1871, que se convirtió en una guía para la interpretación del simbolismo francmasónico, utilizada por sectores antimasónicos evangélicos críticos y contrarios a este movimiento, como también de sectores del catolicismo.
Pike sufrió un accidente con su montura y se vio forzado a completar andando unos 700 km hasta el destino para, después de asociarse a otra expedición con escaso éxito, trasladarse al territorio de Arkansas.
Tras la guerra, Pike retornó a la abogacía mudándose a Nueva Orleáns en 1853 donde redactaría una obra titulada Maxims of the Roman Law and some of the Ancient French Law, as Expounded and Applied in Doctrine and Jurisprudence que aunque sin publicar, le ayudaría a aumentar su prestigio en la profesión.
Las acusaciones que más tarde se encontraron realizadas sin pruebas fundadas, forzaron el arresto de Pike que en cambio, logró evadirse al Arkansas desde donde envió su renuncia al ejército confederado el 12 de julio.
[2] Una leyenda, comenzada por el mixtificador Léo Taxil, luego desmentida por el mismo, lo vinculaba a conspiraciones y rituales satanistas.