En el año 2013 pasó de la sub-16 a la sub-17, pero decidió jugar como volante nuevamente, incluso anotó un gol y brindó una asistencia en un partido contra Nacional.
Aunque la rebeldía de su puesto como defensa duró poco, ya que 3 partidos después le pidió al técnico para volver al lateral derecho, ya que le gustaba arrancar con potencia desde atrás y poder explotar su velocidad.
Sus buenas actuaciones fueron recompensadas con un llamado a la selección sub-18 de Uruguay en abril, para disputar un cuadrangular internacional en Corea del Sur.
Sant'Anna firmó su primer contrato profesional con Cerro, antes de jugar su segundo torneo internacional con la sub-18 uruguaya en Los Ángeles.
En la última fecha del Torneo Apertura, anotó su primer gol oficial, fue contra Racing en el Parque Roberto, con su tanto ganaron 2 a 0.
Agustín no recibió tarjetas, anotó 1 gol en sus primeros 7 partidos, de los cuales ganaron 5, empataron 1 y perdieron el restante.
[8] El 16 de enero, jugaron un partido amistoso, por la Copa Confraternidad contra Plaza Colonia, Agustín fue titular pero perdieron 1 a 0.
De igual forma, Cerro concretó una gran temporada, lograron el tercer puesto en la tabla anual, por lo que clasificaron a la Copa Libertadores 2017.
El siguiente encuentro fue contra Francia, Agustín fue titular nuevamente y esta vez ganaron 2 a 0 con goles de Valverde.
[22] El primer partido fue contra el anfitrión, Estados Unidos, Uruguay dominó todo el encuentro y ganaron 2 a 1.
Fue titular, utilizó el dorsal número 2 y ganaron por 2 goles a 1 luego de comenzar en desventaja.
[30] Ya en Uruguay, fue convocado para jugar nuevamente contra Paraguay 2 amistosos, pero de locales.