Aunque basada libremente en la figura histórica del explorador español, la historia principal es ficticia, como reconocería años más tarde el propio director.
El reparto y el equipo hubieron de escalar montañas, talar pesados árboles para abrir rutas en la selva y utilizar balsas construidas por los nativos para atravesar los rápidos del río.
Sus elementos narrativos y su estilo visual ejercieron una fuerte influencia en la película Apocalypse Now, de Francis Ford Coppola.
Si esta delegación no volviera en el plazo de una semana se los consideraría perdidos.
No obstante, Aguirre lidera un motín contra el comandante y les recuerda a sus hombres que Hernán Cortés conquistó un imperio en México gracias a haber desobedecido una orden directa.
El grupo continúa su trayecto, esta vez en una embarcación de mayor tamaño recién construida.
El 21 de enero, una pareja indígena se acerca tranquila en canoa y es capturada.
Tras la muerte de éste, Aguirre se proclama líder y, al día siguiente, ordena desembarcar en tierra para ahorcar a Ursúa.
El grupo ataca un pueblo indio, donde varios soldados mueren por las flechas y las lanzas de los nativos que se defendían.
Sin embargo, Herzog eliminó las referencias a Orellana de la película y la secuencia del barco atrapado en las ramas aparece como una alucinación.
La balsa lograba salir al mar abierto y era arrastrada de nuevo hacia el interior debido a las corrientes del Amazonas.
Se habían conocido varios años antes, cuando el joven actor residió en la misma pensión que la familia de Herzog durante tres meses.
Las violentas y desquiciadas reacciones del intérprete dejaron una impresión duradera en el director.
Una vez que este mostraba su rabia, Herzog aprovechaba para comenzar a grabar.
Al enterarse, Herzog se hizo pasar por veterinario y exigió que los animales fueran vacunados como requisito para ser embarcados; así pudo recuperarlos y filmar la escena, antes de devolverlos a la selva.
[26] Aguirre, der Zorn Gottes sería la primera de numerosas colaboraciones entre la agrupación y el cineasta.
[30] Herzog explicó cómo se creó el sonido coral: «Utilizamos un extraño instrumento al que denominamos “coro-órgano”.
Tenía en su interior tres docenas de cintas diferentes que corrían paralelas entre sí en bucles.
Todas esas cintas sonaban al mismo tiempo y había un teclado que podías tocar y que generaba un sonido similar a la voz humana, pero al mismo tiempo muy artificial e inquietante».
Herzog justificó esta decisión por la relativa fría acogida del film en su país de origen.
[34] En Alemania, el diario Süddeutsche Zeitung la describió como una «pintura de color bañada con violencia física en movimiento».
Vincent Canby, crítico de The New York Times, la catalogó como «absolutamente impresionante», y añadió: «Herzog observa con objetividad todas las actuaciones.
Schickel alabó además las interpretaciones, en especial la de Kinski en el papel principal, «gloriosamente fotografiado por Thomas Mauch».
J. Hoberman, de Village Voice, escribió que «no es solo una gran película, sino una esencial.
El tercer largometraje de Herzog es una cinta histórica a la vez que una magnífica metáfora social».
[45] Por su parte, la revista Empire la posicionó en el número dieciséis de los mejores 100 largometrajes del mundo.
[46] Aguirre, der Zorn Gottes recibió varios premios cinematográficos de prestigio.