Autores antiguos y modernos han especulado mucho en torno a la raíz histórica de esta discriminación.
La población no agote les atribuía diversos orígenes «perversos» que no pretendían explicar sino más bien justificar la discriminación: supuesta maldición bíblica, descendientes de paganos celtas o de herejes, etc.
Partiendo del nombre, agotes, algunos autores dieron credibilidad a la teoría de un origen godo, quizá desertores de algún ejército refugiados en los valles vasconavarros, donde serían mal recibidos por la población autóctona y se iniciaría así un prejuicio alimentado por la leyenda.
Los agotes eran obligados a vivir fuera de los núcleos habitados, a vestir un ropaje para ser identificados como tales y a llevar en sus prendas un signo rojo similar a una huella de pata de oca o pato, parecido al que debían portar los llamados gafos, ya que se creía que los agotes eran «portadores de enfermedades».
Los agotes no podían mezclarse en ningún caso con los no agotes: en las iglesias navarras solían quedar relegados a un hueco bajo el coro, el campanario o la escalera para oír misa, y con frecuencia tenían una entrada específica, a un lado de la principal, más baja y más estrecha.
En 1514 solicitaron y obtuvieron del papa León X una bula que los relevaba de las restricciones infamantes que se les venía imponiendo en las prácticas del culto.
El último lugar donde se mantuvieron reminiscencias del prejuicio hasta bien entrado el siglo XX, según el testimonio de los pobladores, fue la localidad navarra de Arizcun, en la que existe un barrio llamado Bozate (al que se refiere la cita de Baroja) que originalmente era el gueto reservado a los agotes.