Hasta el siglo XVI los registros de la abadía no eran fácilmente rastreables dentro del archivo.
No existía un inventario compilado orgánicamente que permitiera el acceso inmediato al documento deseado.
El primer orden se realizó catalogando tierras, feudos y beneficios diversos utilizando criterios topográficos.
La reorganización corrió a cargo de Salvatore Maria Di Blasi y Emanuele Caputo, quienes tuvieron en cuenta las nuevas técnicas de archivo que se estaban difundiendo en varios países europeos.
Esto no agradó a los monjes de Cava y desencadenó una larga controversia entre el Ministerio del Interior y el abad Mazzacane, que en 1824 prefirió renunciar a la abadía.
El período cronológico que abarcan los diez primeros volúmenes va del 792 al 1080.
Pero Alferio no se quedó solo, su santidad pronto atrajo a numerosos discípulos a ese lugar, hasta el punto de que se vio inducido a erigir, en el empinado nivel entre la cueva y el río Selano, una iglesia de considerable tamaño, y a construir hasta el oeste de la misma, aprovechando también fábricas y edificios preexistentes, se encuentra un pequeño monasterio, núcleo original de la actual abadía.
En el sótano de la basílica actual todavía se pueden ver parcialmente los edificios originales y los vestigios de las fábricas románicas que datan del siglo I d. C. Sin embargo, la fundación del núcleo monástico se remonta al año 988, porque Alferio no fue el primer habitante de la cueva.
Con el mismo diploma se confería a la comunidad monástica, entre otros privilegios, la exención de impuestos y la libre designación de abades por el predecesor o, por elección, por la propia comunidad.
Los tres primeros siglos de la historia fueron espléndidos y estuvieron acompañados de santidad: los cuatro primeros abades fueron reconocidos como santos por la Iglesia, a saber, Alferio, Leone I, Pietro I y Costabile, mientras que Simeone, Falcone, Marino, Benincasa, Pietro II fueron reconocidos como beatos, Bálsamo, Leonardo y Leone II.
El siglo XIV representa un período de repliegue sobre sí mismo para la comunidad monástica.
La abadía fue comendataria durante más de setenta años por abades que no residían habitualmente en el monasterio, quienes los confiaron a los vicarios generales; en algunos casos a los vicarios también se les concedió el carácter episcopal.
[4] Cuando en 1485 el papa Inocencio VIII confirió la mención al cardenal Oliviero Carafa, la abadía de la Santísima Trinidad ya había perdido su antiguo esplendor de virtud y santidad.
Para la Abadía de la Santísima Trinidad de La Cava, como ya había sucedido con muchos otros monasterios que durante mucho tiempo se encontraban en las mismas condiciones miserables, se hizo necesario reformar el régimen cenobítico.
El cardenal Oliviero Carafa decidió renunciar a la mención y devolvió la vida de clausura al monasterio benedictino.
El abad Michele obtuvo también del papa Julio II la declaración de revocación y nulidad del acuerdo previamente establecido entre el abad Arsenio y la Universidad de La Cava.
Los monjes se refugiaron en el priorato de Sant'Angelo in Grotta en Nocera Inferiore, mientras que la iglesia abacial quedó confiada a los sacerdotes diocesanos.
Desde su fundación hasta nuestros días, la abadía ha desempeñado un papel fundamental en los asuntos sociales, civiles y religiosos de muchos centros situados en el sur de Italia, donde extendió su dominio directo.
Según el monje benedictino Paul Guillaume, historiador y archivero de la abadía en el siglo XIX, al menos 77 abadías, 100 prioratos, 20 monasterios, 10 obediencias y 273 iglesias pertenecían a la orden de la Cava.
Los abades también desempeñaron funciones en la vida política, social y económica de las comunidades controladas con profundas repercusiones en las relaciones con las poblaciones locales.
La abadía, en sus vastas posesiones feudales, fue a menudo acosada en su gestión civil y religiosa tanto por los poderosos en el poder como por sus propios vasallos.
Esto dio lugar al malestar que caracterizó las relaciones entre los monjes y sus vasallos más de una vez en los siglos pasados.
Hasta finales del siglo XIX el monasterio reunía entre sus miembros casi exclusivamente a miembros de la aristocracia y ostentaba el sobrenombre de "sagrado y real".