Durante la Segunda Guerra Mundial estuvo subordinada al South West Pacific Area a las órdenes del general Douglas MacArthur.Durante la Batalla del Golfo de Leyte gran parte de las fuerzas navales aliadas estaban asignadas a la Séptima Flota, que se encontraba bajo el mando del almirante Thomas C. Kinkaid.Al finalizar la guerra la Séptima Flota traslado su base a Qingdao, China.Durante las operaciones Escudo del Desierto y Tormenta del Desierto, el COMUSNAVCENT ejerció el mando y el control del mayor número de buques de guerra estadounidenses que se haya efectuado desde la Segunda Guerra Mundial.[1] Al finalizar la guerra, la Séptima Flota regresó a su base en Yokosuka, Japón.