La universidad cuenta con siete facultades (seis en Leiden y una en La Haya), con más de 34.000 estudiantes matriculados en 2021.
Tras la resistencia opuesta al asedio, se le concede a la ciudad la universidad en 1575.
[3] Esta posición se mantuvo hasta finales del siglo XVIII gracias a la reputación de eruditos como Herman Boerhaave.
A principios del siglo XIX, la universidad decayó un poco en reputación internacional, ya que las universidades extranjeras, especialmente en la emergente región de habla alemana, consiguieron atraer a muchos eruditos de renombre.
Otros tres profesores recibieron el Premio Nobel por sus investigaciones realizadas en la Universiteit Leiden: Hendrik Antoon Lorentz y Pieter Zeeman recibieron el Premio Nobel por sus trabajos pioneros en el campo de los fenómenos ópticos y electrónicos, y el fisiólogo Willem Einthoven por su invención del galvanómetro de cuerda, que, entre otras cosas, permitió el desarrollo de la electrocardiografía.
La universidad no tiene un campus central; sus edificios están repartidos por toda la ciudad.
La universidad nunca ha tenido una facultad de economía, empresa o gestión, pues durante todas estas décadas se ha pensado que esto no encajaría en su tradición.
Actualmente mantienen una cooperación con la facultad de Matemáticas con el MSc en ICT in Business.
El renacimiento científico había comenzado a resaltar la importancia del estudio académico, por lo que Príncipe Guillermo fundó la primera universidad holandesa en Leiden como recompensa por la heroica defensa de Leiden contra los ataques españoles el año anterior.
Ubicada originalmente en el convento de Santa Bárbara, la universidad se trasladó al convento de las Monjas Blancas en 1581, lugar que aún ocupa, aunque el edificio original fue destruido en 1616.
En 1908 fue también el primero en conseguir licuar el helio y se le puede atribuir el descubrimiento de la superconductividad en los metales.
En la actualidad, Leiden goza de una sólida posición internacional entre los mejores institutos de investigación en muchos campos, como las ciencias naturales, la medicina, las ciencias sociales y del comportamiento, el derecho, las artes y las letras.
Otros galardonados con el premio Spinoza son el lingüista Frits Kortlandt, el matemático Hendrik Lenstra y Carlo Beenakker, que trabaja en su campo de la física mesoscópica.