Joseph también era instruido cada día para escribir en latín o declamar, aunque en otros aspectos parece que fue dejado a su propia suerte.Así se dispuso como autodidacta y leyó a Homero en veintiún días, y luego pasó por todos los demás poetas, oradores e historiadores griegos, formando una gramática para sí mismo conforme avanzó en sus conocimientos.Su disposición e inhóspito trato de los extranjeros causó una impresión negativa sobre él.No fue hasta mucho más tarde, cuando se convirtió en íntimo de Richard Thomson y otros británicos, cuando comenzó a apreciarlos.De su vida durante este período se sabe que constantemente se desplazaba con su amigo y compañero Chastaigner a través de Poitou y Limousin, según las exigencias que la guerra civil requería.Fue el primero en establecer y aplicar normas para la buena crítica, y para cambiar la crítica textual de una serie de conjeturas al azar en un "racional procedimiento sujeto a leyes fijas" (Mark Pattison).Este trabajo fue impreso en 1606 en su Thesaurus temporum, en el que se recogerá, restaurada, y cronológicamente organizada, cada reliquia existente en griego o latín.Se estableció en los Países Bajos en 1593, donde pasaría el resto de su vida, sin regresar más a Francia.Durante los primeros siete años de su residencia en Leiden, su reputación estaba en su punto más alto.Además, Muretus en la última parte de su vida siguió la más estricta ortodoxia, Lipsius se había reconciliado con la Iglesia de Roma, pero Scaliger se mantenía como un protestante irreconciliable con el catolicismo y cada vez estuvo más aislado.Cada escándalo que podía ser rastrillado con respecto a Scaliger o sobre su familia se encuentra allí.Escrita con inusitada moderación y buen gusto pero, tal vez por esa misma razón, no había en el texto el tono agresivo que deseaba su autor e incluso se esperaba, lo que en ese momento le hizo perder fuerza.Sin embargo, no logra refutar un punto central aportado por Scioppius: que William, el último príncipe de Verona, no tenía un hijo Nicholas, quien habría sido el presunto abuelo de Julius.Amargado, cinco meses después Scaliger murió en los brazos de su hijo Heinsius.
