Los primeros exploradores, en su búsqueda de las fuentes del río Nilo se encontraron con enormes dificultades para atravesar esta región.
La extensión de terreno inundado es variable; durante la estación lluviosa puede superar los 130.000 kilómetros cuadrados.
La guerra civil y la construcción del canal de Jonglei, que actúa como una barrera para la fauna, son las principales amenazas.
Debido a la gran extensión de los pantanos y al clima cálido, la mayor parte del agua procedente de los afluentes occidentales (el sistema del Bahr el Ghazal) se pierde por evaporación.
A principios del siglo XX se propuso construir un canal para evitar los pantanos por el este y aprovechar esa agua.