Estuvo particularmente interesado por el análisis numérico y escribió trabajos sobre mecánica celeste e historia de la física.
En 1954 recibió la Medalla Copley, el más importante galardón en ciencias que otorga la Real Sociedad de Londres.
En 1896 se convirtió en profesor del Trinity College de Cambridge, donde permaneció hasta 1906.
En 1941 Whittaker escribió la biografía del famoso matemático italiano Vito Volterra para la Real Sociedad de Londres.
En 1915 Whittaker utilizó la función sinc[4] aplicada a procesos de muestreo, aunque no le dio nombre.