50 años después, la ciudad de Detroit se encuentra en el siglo 22 donde Isaac Sumdack, el joven que encontró la cabeza de Megatrón, narra que Detroid fue alguna vez la ciudad con mayor producción automotriz, pero que ahora es la mayor productora de máquinas y robots del mundo (los cuales ha creado él, basándose en la tecnológica cabeza del líder decepticon) .
El "Allspark" transforma su tarjeta de acceso en una llave, que al introducirla en algo mecánico lo repara y le permite manipularlo a su voluntad.
Optimus y el resto comienzan a salvar la ciudad de todos los problemas que hay en ella.
Sin embargo, Prime evita que el Allspark caiga en manos del Decepticon, al sacrificarse asimismo.
No obstante, gracias a la llave de Sari y al Allspark, logra salvarse.
Blacharacknea también volvió buscando el allspark para retirar la masa orgánica de sí misma pero termina fallando y traicionando a Optimus cuando este intenta ayudarla.
Luego llegan Blitzwing y Lungut, quien recibió una señal de Megatron quien le indicaba su posición.
Los Autobots lo vencen pero los retos de Blitzwing y Lugnut son reclutados bajo amenaza por Starscream.
Cuando Starscream comienza la movilización Decepticon los Autobots le quitan la llave a Sari para mantenerla segura pero esta es robada por Lungut.
Sumdack encontró el cuerpo de Megatron, por desgracia Starscream llegó a su laboratorio y encontró a quien este creía muerto, burlándose de él por estar en ese penoso estado, hasta que este se distrae con Bumblebee y Lungut y Blitzwing ponen la llave en la cabeza de su líder, por lo que este volvió a su cuerpo completo.
Los trozos del Allspark causan caos en la ciudad, uno de ellos es que un tren bala pierda sus frenos, tras recuperar el fragmento, Ultra Magnus, el líder supremo Autobot es atacado por Starscream, quien resulta no estar muerto, ya que tras recibir un ataque de Megatron que lo asesinó, Lungut y Blitzwing lanzaron el cuerpo de Starscream a un río luego este despertó porque un trozo del Allspark se incrustó en su frente y ahora es inmortal.
Tras comprobar que habían Decepticons en la zona la guardia permitió a Optimus quedarse en la tierra para protegerla y encontrar los trozos del Allspark.
Luego usa la cabeza de Starcream como batería y por accidente ambos son lanzados al espacio.
Omega Supreme se sacrifica y los autobots salvan a Bulkhead y al profesos Sumdac, Sari se hace una herida en el codo solo para encontrar piezas robóoticas en su interior, a lo que su padre contesta que necesitan hablar.
Isaac Sumdac y Bulkhead continuaron trabajando en un puente espacial, mientras que Wasp fugitivo llega a la Tierra para vengarse de Bumblebee.
Optimus Prime, Bumblebee, Jazz y Ratchet habrían regresado a la Tierra junto con Ironhide como nuevo miembro del equipo (que escanearía una camioneta pick-up parecida a la versión de la película del personaje), mientras que Bulkhead y Sari se hubieran quedado en Cybertron, con Sari descubriendo más sobre su tipo y Bulkhead defendiendo granjas de Energon en Cybertron de los Decepticons.
El elenco principal Decepticon se compone de Megatron, Shockwave, Starscream, Blitzwing y Lugnut.
Mystery Incorporated) creó el controvertido "aspecto completamente nuevo" que presenta esta serie.
Al igual que con la película cuando se estrenó en Japón, Takara Tomy no cambió el nombre de Optimus a Convoy como lo han hecho en propiedades anteriores.
Para la 3.ª temporada, CN cambio al doblaje, el cual quedó a cargo de Colombia Films.