El programa se basa en la lucha sin fin enfrentando los Autobots, liderados por Optimus Prime, contra los Decepticons, dirigidos por Megatron y quienes buscan hacerse con todas las fuentes de Energon para dominar no solo Cybertron sino también el Universo.
Esto provocó que algunos robots con esperanza de libertad tal como A-3 (el futuro Alpha Trion) lucharan para liberar su pueblo de sus opresores los Quintessons, este científico junto a una hembra autobot llamada Beta crean una revolución.
Este objeto sagrado se le dio el nombre de «Matriz del Liderazgo».
Vector Sigma el único computador del planeta capaz de dar vida a un robot y programarlo con su propia personalidad al nacer, da origen a un robot militar llamado, Megatron, el líder Decepticon más feroz que hay, cuya única misión es llevar a la gloria a los Decepticons, caracterizado por tener muchas habilidades avanzadas, los Decepticons comienzan una repentina guerra contra los Autobots, a su vez los Transformers desarrollan la capacidad para transformarse, los blancos principales de los Decepticons fueron los hangares de energía de las ciudades Autobots, los Autobots inician una resistencia contra los Decepticons, su líder en el momento es "Sentinel Prime", quien valientemente lucha contra los Decepticons pero es asesinado por Megatron durante una batalla, Alpha Trion sin embargo, logra retirar del fallecido cuerpo de Sentinel Prime la matriz del liderazgo de los Autobots, y la esconde.
En 1984, luego de la erupción del volcán, se reactiva la computadora principal de la nave, Teletraan 1, que con suficiente energía manda una sonda de baja altitud y empieza a scannear los vehículos de la tecnología primitiva humana, tales como jeeps, camiones, pistolas, aviones, etc. Teletraan 1 por tener poca energía solo repara al robot más cercano quien desafortunadamente es un Decepticon llamado Skywarp, quien luego hace que la computadora solo repare a los Decepticons, Megatron al ver que sus enemigos parecen estar eliminados los deja y se dispone a reunir suficiente energía para conquistar Cybertrón, mientras salen de la nave Starscream por error hace que Teletraan 1 repare un Autobot, afortunadamente fue Optimus Prime, y luego al resto de los Autobots.
Con los Decepticons atrapados en la Tierra junto a los Autobots estos continúan su búsqueda por más energía, a la vez Megatron logra construir un puente espacial con Cybertrón, para así enviar toda la energía que obtiene directamente hacia Cybertrón, los Autobots a pesar de sus más grandes esfuerzos aunque pueden mantener al margen a los Decepticons, no pueden detener el constante envío de energía de los Decepticons hacia Cybertrón.
A su vez los Autobots logran que Omega Supreme un guerrero autobot que custodiaba la ciudad más hermosa de todo el planeta Cibertrón viniese al planeta Tierra para ayudar a sus compañeros Autobots en su lucha contra los malvados Decepticons y sus planes de conquista.
Su primer plan en la Tierra consistió en construir una máquina que transmite todos los poderes de los Decepticons a Megatron, este con sus nuevas habilidades consigue derrotar a Optimus Prime en un duelo, el perdedor debe irse del planeta Tierra, Optimus Prime pierde el duelo, pero descubren que fue una trampa de los Decepticons, así que junto con sus Autobots y Dinobots consiguen derrotar a los Decepticons y lanzarlos a un río de lava donde quizás serán destruidos.
Pero los Autobots tienen bases ocultas en las dos lunas de Cybertron, y también han construido a Metroplex, la Ciudad Autobot en la Tierra.
Antes de morir, Optimus Prime traspasa la Matriz del Liderazgo Autobot a Ultra Magnus.
Los Autobots atacan Unicron, quien finalmente ha conseguido llegar hasta Cybertron para comérselo, y después, la mayoría de los personajes principales son tragados.
El hijo de Spike, Daniel, rescata su padre y a los Autobots que fueron comidos anteriormente.
Luego de que la cripta se estrellara, Optimus Prime escapa y manda a todas las flotas Autobots a realizar un ataque contra los Quientesson, pero luego Rodimus descubre que todo era una trampa de los Quientesson quienes reconstruyeron a Optimus Prime, muchas batallas después unos cienticos Humanos desarrollaban un nuevo metal muy fuerte cuando de pronto descubren una especie de virus que todo lo que toca lo pone en un estado berzerk, pero también descubren el cuerpo de Optimus Prime, los Decepticons y los Protectobots empiezan una batalla en el mismo laboratorio provocando grandes daños, despertando un sentimiento de venganza en ellos, hacen que los Autobots vayan a buscar el cuerpo de Optimus Prime, cuando llegan son emboscados y muchos Autobots son infestados con el virus Afortunadamente Rodimus escapa con el cuerpo de Prime, Muchos transformers y humanos son infectados rápidamente porque apenas un infestado toca a otra persona automáticamente se infecta.
Después Optimus Prime recobra el mando, logrando una momentánea paz con sus antiguos enemigos Decepticon.
Galvatron, pensando en una nueva fuente de energía, ataca la Ciudad Autobot en la Tierra para conseguir la Llave.
La extraña energía cortocircuita varios Transformers y una nave espacial, enviando a su tripulación en un vuelo fuera de control.
Solamente Spike y Daniel, criaturas orgánicas, no son afectados por la energía.
Los señores Hive luchan contra los restantes Autobots hasta que llegan Spike y Fortress Maximus.
Vector Sigma drena la energía extra del Sol mientras Spike cierra la Cámara.
Galvatron y los señores Hive son expulsados de Cybertron hacia el espacio interestelar.
En Japón se sacaron 6 resúmenes más, haciendo para ese país un total de 44 episodios.
Esta serie es sobre un futuro donde los Decepticons (destrons) liderados por un sucesor de Galvatron llamado Dezaras intenta desatar una nueva guerra contra los autobots, y ocurre en un tiempo muy distante al final de Masterforce, por lo que se interpreta como Spin Off exclusivo para Japón.