Cuando regresó, estando Omega aturdido luchó contra Devastator en un combate cuerpo a cuerpo y destruyó al Robo-Smasher, sin embargo, Megatron había ganado lo que él quería; los nuevos aliados y la destrucción del corazón del Guardián.
Sus tareas primarias han sido la protección del Arca y de vuelos ocasionales hacia la batalla.
Él habla algunas palabras y la única emoción que tiene es un intenso deseo de venganza contra los Constructicons.
Omega Supreme no participó en la Batalla de Ciudad Autobot en el 2005 ya que en ese mismo momento se encontraba junto a Superion y Defensor luchando contra Menasor y Bruticus en las afueras del Arca,[1] apareció en la tercera temporada pero ya como extra ya que Los Autobots tenían un potencial más fuerte llamado Metroplex.
Omega Supreme en Transformers Animated es la Nave Arca la cual fue creada por Perceptor y Wheeljack como una Última Esperanza ante el ataque Imminente de Los Decepticons, Cuando Ultra Magnus necesitaba a alguien quien sepa obtener los códigos le otorgó a Ratchet activo a Omega Supreme los Decepticons en ese entonces fueron derrotados pero en un segundo intento de conquistar Cybertron había una robot de inteligencia llamada Arcee quien le dieron el código de activación lo cual en las guerras fue capturada por Lockdown para obtener la información pero al final no lo consiguió ya que Ratchet la ayudó a escapar, en el primer capítulo de la Primera temporada "Transformence y Avancen" Optimus Prime, Bulkhead, Prowl, Ratchet y Bumblebee encontraron el Allspark Los Megatron y sus Decepticons los estaban persiguiendo en la Nave Nemesis lo cual intentaron activar el código Omega pero ya había sido negado el acceso ya que Arcee conocida como unidad RC tenía los códigos en su memoria, Omega Supreme es activado en los Episodios 28 y 29 Hacia un Puente de Distancia Parte I y II Ratchet y Sari Sumdac lograron activar a Omega con la llave del Allspark para salvar a sus compañeros de los Decepticons derrotando así a los clones de Starscream como Sunstorm, Ramjet, Slipstream, junto con Lugnut y Blitzwing, pero al final cuando el puente espacial se sobrecargo podía llevarse todo Míchigan a una dimensión espacial desconocida Omega Supreme se dispone a cerrar ese portal poniendo su cuerpo en el portal diciendo "Estoy Programado para Sacrificarme" lo cual Ratchet y Sari son expulsados del mismo Omega Supreme ya que al final se lleva a Megatron y a Starscream solo la cabeza ya que su cuerpo lo seccionó el Profesor Sumdac para ayudar a los Autobots cuando este intentaba derrocar a Megatron, Sumdac aprovechó en seccionarle su cuerpo, en el episodio 31 Teletransportados Parte II Megatron y Starscream logran regresar a la tierra con Omega Supreme pero él estaba desactivado, Megatron y Starscream logran apoderarse de este, hasta que Starscream con su Allspark incorporado se dispone atacar a Megatron y a los Autobots pero al final ellos regresan a otro rumbo desconocido, logrando capturar a Arcee para obtener los códigos de Omega Supreme, mientras que logran ubicarse con Lugnut y Shockwave y deciden clonar a Omega Supreme junto con el ADN de Lugnut formando así los Drones Lugnut Supreme con eso Megatron se dispone atacar la tierra en el último capítulo de la tercera temporada Fin del Juego; sin embargo Optimus Prime decide usar el Jet-Power que le construyó Ratchet cuando este les hizo unas modificaciones para poder estabilizar el Jet-Power ya que al principio el Jet-Power no tenía asimilación y se inestabilizaba en el aire, tanto así que decide usar el potente Martillo de Ultra Magnus, Jazz decidió combatir al lado de Optimus Prime, Prowl decide ponerse la Armadura Protoforma Ninja de su Maestro Yoketron mientras que Megatron regresa a la Tierra con la ayuda de los Lugnut Supreme, Optimus Prime con el Martillo derrota a un Lugnut Supreme, mantiene una intensa pelea contra Megatron, mientras que Bumblebee, Ratchet y Bulkhead deciden rescatar a Omega Supreme y a Arcee logran derrotar a Shockwave y a Lugnut con la ayuda de Omega Supreme debido a que los Autobots logran activarlo nuevamente y este decide ayudar a los Autobots regresando a la tierra eliminando a un Lugnut Supreme, mientras que otro estalla con Megatron y Optimus Prime por obra de una reprogramación de Starscream quien lo había instalado sigilosamente, este regresa también a la tierra otro intento de derrocar a Megatron, pero este no lo consiguió ya que Megatron solo le causó unas cuantas lesiones Optimus Prime es rescatado con el sacrificio de la chispa de vida de Prowl, Starscream pierde su fragmento de Allspark y así se desconecta, Megatron es derrotado y capturado por los Autobots, Omega Supreme decide regresar con los Autobots a Cybertron y así termina esta serie.