Es la continuación de la serie Transformers: Armada y se sitúa temporalmente 10 años después.
Se continúa utilizando la animación tradicional, pero combinando CGI para dar más realismo 'high-tech' a los robots.
Sin embargo diez años es mucho tiempo y en la oscuridad el mal está volviendo a resurgir de nuevo.
Los Autobots forman una alianza con Alpha Q, que ya está trabajando con Rodimus y su tripulación, para aprender su origen y sus motivaciones para robar Energon - se trata de utilizarla para recrear lo que Unicron ha destruido.
Mientras tanto, las fuerzas de Megatron atacan Cybertron, y el Decepticon Shockblast es inducido en sus filas.
En el curso en que Shockblast se fuga de la cárcel, Wing Dagger jura venganza por la muerte de su compañero, y cuando una Torre de Energon se derrumba sobre él y muere, Megatron reconstruye a Tidal Wave como Mirage, mientras que Primus recrea Wing Dagger como el poderoso Wing Saber, que se une a la batalla junto a Optimus Prime dentro de Unicron ...
Megatron tiene éxito en reanimar a Unicron, y reclama su cabeza, causando la muerte de Alpha Q en el proceso, pero luego Shockblast intenta tomar el control de Unicron y es destruido.
luego invocan el poder de Primus y aumentan su tamaño a uno similar al de Galvatron, hecho esto comienza la lucha, Optimus Supreme atrapa a Galvatron y espera a que llegue el Super energon desde Cybertron (que ya se encuentra en camino), Kicker le pide a Optimus que se quite del camino, pero este no quiere ni puede porque debe sostener a Galvatron y asegurarse que el super energon se estrelle con él.
En el episodio 25 Unicron es restaurado y los productores del Show, en lugar de acabar con Unicron y poder enfocar una nueva historia en otras partes, optaron por simplemente desactivarlo, esencialmente repitiendo el mismo argumento de los decepticon reviviendo a Unicron una vez más, siendo derrotados una vez más por los autobots y aun con el aspecto principal del show agotado continua con 13 episodios más para tener 52 capítulos solo para promocionar mercancía de los equipos combinadores y repintados de los personajes ya existentes.