En el lago hay muchas islas, como las llamadas Big Chicken, East Sister, Gibraltar, Green, Gull, Hen, Johnson, Kelleys, Little Chicken, Lost Ballast, Middle Island, Middle Bass, Middle Sister, Mouse, North Bass, North Harbour, Pelee, Rattlesnake, South Bass, Starve, Sugar, Turtle y West Sister.El parque nacional Point Pelee, el punto más austral de Canadá continental, se encuentra sobre una península que se extiende sobre el lago.

Antes de esto, la tierra sobre la que ahora se asienta el lago pasó por varias etapas complejas.

Este antiguo sistema de drenaje fue destruido por el primer gran glaciar de la zona, mientras profundizaba y agrandaba las tierras bajas, permitiendo que el agua se asentara y formara un lago.

Como cada lago tenía un volumen de agua diferente, sus orillas se encontraban a distintas elevaciones.

Las antiguas dunas de arena son visibles en la Oak Openings Region en Northwest Ohio.

Al igual que los otros Grandes Lagos, el lago Erie provoca nevadas cuando los primeros vientos del invierno pasan sobre la superficie cálida del agua, haciendo que la ciudad de Búfalo sea uno de los lugares que recibe mayor cantidad de nieve en Estados Unidos.

Sin embargo, ciertas especies invasivas como las almejas amenazan el ecosistema del lago.

Otras especies invasoras como el pez gobio y la carpa herbívora se han incrementado sin tener en cuenta la fragilidad del ecosistema.

Sin embargo, el ciclo continuo de fósforo como alimento para las algas y su descomposición subsiguiente contribuyeron al desarrollo de zonas muertas ecológicamente en la cuenca central del lago durante los veranos.

[6]​ El lago contiene cabeza de acero,[7]​ walleye (conocido en Canadá como pickerel),[5]​[7]​ lubina, lubina,[7]​ perca,[7]​ trucha de lago, salmón real, pescado blanco, smelt, y muchas otras.

Los intentos de repoblar salmón plateado han fracasado y su número está disminuyendo.

Los pescadores se centran en la lucioperca y la perca amarilla, aunque también pescan truchas arco iris.

Sin embargo, según un informe, la población de lucioperca del lago Erie alcanzó cifras récord incluso en 1989.

[11]​ Se dice que el pez más largo del lago Erie es el esturión, que puede llegar a medir 10 pies (3 m) y pesar 300 libras (136,1 kg), pero es una especie en peligro de extinción y vive principalmente en el fondo del lago.

La pesca comercial en el lago Erie se ha visto perjudicada por la contaminación, así como por las normativas gubernamentales que limitan el tamaño de sus capturas; un informe sugería que el número de barcos pesqueros y empleados había disminuido en dos tercios en las últimas décadas.

Los pescadores estadounidenses asentados a lo largo del lago Erie perdieron su medio de vida en las últimas décadas y ya no capturan peces como el pescado blanco para los mercados de Nueva York.

En la actualidad, la pesca comercial se concentra principalmente en las comunidades canadienses, con una pesquería mucho más pequeña -limitada en gran medida a la perca amarilla- en Ohio.

Sin embargo, hay informes de que algunos pescadores comerciales canadienses no están satisfechos con las cuotas de pesca y han demandado al gobierno por este asunto, y ha habido quejas de que el órgano legislativo que redacta las cuotas está dominado por EE. UU.

Según un informe, la ciudad canadiense de Port Dover, Ontario alberga la mayor flota pesquera del lago.

Las aguas frías y profundas que dan lugar a la mejor pesca se encuentran en la parte canadiense del lago.

[7]​ En invierno, cuando el lago se congela, muchos pescadores salen al hielo, hacen agujeros y pescan.