En el ámbito militar fue usado para realizar tareas de comunicación y enlace.
También fue exportado a Bulgaria, Hungría, Japón, Rumania, la URSS, Suiza y Yugoslavia.
La Legión Cóndor utilizó algunos ejemplares en España; dos Bf 108 pertenecientes al cuerpo diplomático alemán fueron requisados por la RAF y bautizados Messerschmitt Aldon; algunos otros servirían con la RAF durante breve tiempo en la posguerra.
Hacia el final de la guerra se habían construido 885 aparatos, continuando el desarrollo del modelo por la SNCAN (Nord), que fabricó tanto el Bf 108 como el Me 208 en diversas versiones, hasta un total aproximado de 285 aparatos.
Unos cuantos Bf 108 originales y unos pocos ejemplares de construcción francesa continúan volando en la actualidad.