Sultán Ahmad Khan (Pulat Khan) (? –1615), el primer hijo de Timur Sultan
Mahmud Sultan (Qilich Khan) (nacido alrededor de 1614 ; fallecido en 1636), segundo hijo de Timur Sultan y fundador de la rama Ishakiyya de la orden sufí Nakshbandi Khojagan . Murió a los 22 años cuando fue envenenado por Khoja Yahiya.
Sultan Ahmad Khan (Pulat Khan) (nacido c. 1613 ; fallecido en 1640), gobernante del Kanato de Yarkent desde 1636 hasta 1638. Restableció el kan con la ayuda del líder de Kara Taghlik, Khoja Yahiya. Dimitió en 1638 a petición de los emires de Kashgar y Yarkand en favor de Abdullah Khan.
Abdullah Khan (en Turfan 1634/5–1638/9) 1638–1669, el hijo mayor de Abduraim Khan, nieto de Abdurashid Khan . Durante su reinado, Baghistan en el valle del río Ili del antiguo Moghulistan (con la tumba de Tughluk Timur Khan , fundador de la dinastía mogol en 1347, en Almalik cerca de Ghulja ) se perdió ante Dzungar Khan Erdeni Batur (1634-1653) en 1651, quien creó el Kanato de Dzungar. En 1634, bajo la nobleza Choros , después de que la antigua Confederación de las 4 tribus Kalmyk ( Khoit , Khoshut , Choros y Torghut ) colapsara en Dzungaria en 1628. Abdullah Khan fue expulsado de Kashgar y Yarkand Beks a la India en 1669, donde fue recibido por el emperador mogol Aurangzeb. , quien organizó su Hajj a La Meca y proporcionó todos los suministros, murió el 30 de octubre de 1675, en la India, a la edad de 67 años, enterrado en Agra .
Nur ad-Din Sultan (en Aksu 1649–1667) 1667–1668 en Kashgar y Yengisar , el hijo menor de Abdullah Khan, murió en 1668 a la edad de 31 años debido al consumo excesivo de alcohol, reinó un año con la ayuda de los Kara Yanchuks , mercenarios de las tribus Dzungars y Kirguistán , que fueron reclutados por primera vez en el servicio en el Kanato de Yarkand durante los últimos años del reinado de Abdullah Khan.
Ismail Khan (en Chalish 1666-1669, en Aksu 1669-1670) 1669, el quinto hijo de Abduraim Khan, nieto de Abdurashid Khan , discípulo del líder Kara Taghlik Khoja Ubaidullah (Khoja Shadi), hijo de Khoja Yahiya, fue declarado Khan en Aksu después de que Abdullah Khan huyera a la India.
YuIbars Khan (en Kashgar 1638-1667, desde los 8 años) 1669-1670, el hijo mayor de Abdullah Khan, discípulo del líder de Ak Taghlik Khoja Mohammad Yusuf (hijo de Khoja Kalon que murió en 1598 y fue fundador de la rama Ishkiya de la Orden Sufí Nakshbandi Khojagan , cuyos seguidores eran conocidos como Aktaghliks) y su hijo Appak Khoja , durante su reinado las posiciones de Ak Taghliks en el Kanato de Yarkand aumentaron enormemente, fue asesinado en 1670 por el partidario de Dzungar Erka Bek, principal controlador de Dzungar Khan Sengge (1653-1671) en Yarkand, a la edad de 40 años.
Abd al Latif Sultan 1670, hijo de Yulbars Khan, quien fue nombrado khan por Ak Taghliks, fue asesinado en el mismo 1670 por Kara Taghliks con todos los demás hijos de Yulbars Khan.
Ismail Khan 1670–1678, restaurado el 2 de abril de 1670 por Kara Taghliks, expulsó a Appak Khoja y a su hijo Yahia Khoja del país en 1670, en 1678 fue capturado por Dzungars en Yarkand (fueron invitados al país por el líder de Ak Taghlik, Appak Khoja, quien utilizó para esta carta de recomendación del quinto Dalai Lama con quien se reunió en el exilio), murió en el valle del río Ili ( Baghistán ) en 1680 a la edad de 56 años.
Abd ar-Rashid Khan II 1678-1682, el hijo mayor del sultán Said Baba Khan, nombrado khan por Dzungar Galdan (1671-1697), que llegó a Yarkand con Appak Khoja y fue recompensado por él con 4.000 piezas de ropa fina y 100.000 monedas de plata ( tangas ) por ayuda militar. En 1682, Abd ar-Rashid Khan II fue enviado a Ili bajo escolta por Dzungars, quienes reaccionaron ante la queja de Appak.Khoja a Galdan contra Abd ar-Rashid Khan II y nuevamente fueron generosamente recompensados por él. Abd ar-Rashid Khan II huyó a Pekín con su hijo Sultan y se rindió al emperador Kangxi en 1696 después del colapso de Galdan.
Muhammad Imin Khan 1682-1692 (1680-1682 en Chalish , 1682 en Turfan ), segundo hijo del sultán Said Baba Khan. Después de que su hermano mayor Abd ar-Rashid Khan II fuera expulsado, Muhammad Imin Khan fue llamado de Turpan y elegido Khan en un Kurultai de Kashgar y Yarkand Begs. Organizó varias expediciones contra los Dzungars. No causó objeciones por parte de Appak Khoja, quien incluso se casó con la hermana de Muhammad Imin Khan, Khanum Padshah, para salvar su prestigio e influencia ya quebrados entre la población. En 1692, Muhammad Imin Khan emitió la Orden Estatal ( Yarlik ) sobre la expulsión de Appak Khoja y su hijo Yahiya Khoja del Kanato de Yarkent . En respuesta, Appak Khoja juró exterminar a todos los descendientes de Chengiz Khan en el país y reunió tropas de sus discípulos. En la batalla decisiva cerca de Kargilik en 1692, la mayoría de las tropas de Muhammad Imin Khan lo abandonaron y se unieron a Khojas. Muhammad Amin Khan huyó a las montañas, donde fue asesinado.
Yahiya Khoja (en Kashgar 1690-1692) 1692-1695, hijo de Appak Khoja , establecido en el khan por Appak Khoja, asesinado en 1695 por Hanim Padsha.
Hanim Padsha (Khanum Padshah) 1695, hermana de Muhammad Imin Khan, viuda de Appak Khoja, fue asesinada en 1695.
Muhammad Mumin Khan ( Akbash Khan ) 1695-1705, el hijo menor del sultán Said Baba Khan, bisnieto de Abdurashid Khan , discípulo de Kara Taghliks, recordó al líder de Kara Taghlik, Khoja Daniyal (fallecido en 1735) del exilio en Cachemira para resistir a Ak Taghliks y Dzungars, huyeron a la India en 1705 bajo la protección de Aurangzeb del Imperio Mogol .
Shah Khan 1543–1570, el hijo mayor de Mansur Khan
Sultán Koraish (Khotan 1533–1570; Chalish 1570–88) 1570–1588, hijo de Abdurashid Khan, expulsado a la India en 1588 por Abdul Karim Khan, donde fue recibido por el emperador mogol Akbar el Grande, quien le dio una de las regiones de la India en suyurgal (posesión hereditaria de la tierra con todos los campesinos en ella).
Muhammad Khan (en Kashgaria 1591-1610), 1588-1591, hijo de Abdurashid Khan
Abduraim Khan 1591–1594, 1605–1634, el hijo menor de Abdurashid Khan, murió en 1634 a la edad de 77 años. Tuvo 9 hijos, el mayor de ellos fue Abdullah Khan.
Khudabende Sultan (1594-1605), hijo de Koraish Sultan, murió en 1605
Muhammad Khashim Sultan (en Chalish) 1608-1610, hijo de Khudabende Sultan, nieto de Koraish Sultan, fue asesinado en 1610 por Abduraim Khan en Kucha.
Abdullah Khan (en Chalish, en Kashgaria 1638-1669) 1634-1638, el hijo mayor de Abduraim Khan.
Abu'l Muhammad Khan 1638-1653, hijo de Abduraim Khan. En 1646 envió una embajada a Pekín para felicitar al recién proclamado emperador manchú Shunzhi como primer emperador de la dinastía Qing de China, que sucedió a la dinastía Ming, que fue derrocada por los manchúes en 1644. La embajada trajo docenas de caballos, camellos y piedras de jade de precisión como regalo al emperador. De acuerdo con la antigua tradición china, se declaró como tributo de vasallo de China. En 1646, la China Qing concedió a Turpan los derechos para comerciar en la capital, Pekín, y en la ciudad de Lanzhou, capital de la provincia de Gansu.
Sultan Said Baba Khan (en Kumul 1636–1653) 1653, murió en 1680 a la edad de 53 años, cuarto hijo de Abduraim Khan
Ibrahim Sultan (en Khotan 1638-1653) 1653-1655, hijo de Abduraim Khan, fue asesinado en 1655
Sultán Said Baba Khan (restaurado) 1655-1680. En 1656 envió una embajada a la China Qing con regalos para el emperador Shunzhi, quien los aceptó y emitió una orden imperial el 19 de octubre de 1656, relativa a las regulaciones comerciales con Turpan, y envió de regreso con la misión 338 piezas de prendas de seda y 723 rollos de seda fina como regalo al gobernante de Turpan.
Abd ar-Rashid Khan II (en Chalish 1678-1680) 1680-1682, el hijo mayor del sultán Said Baba Khan, fue capturado en 1682 por los dzungars y mantenido en cautiverio durante 14 años, fue rescatado en 1696 por las tropas Qing del emperador Kangxi, que lanzaron operaciones militares contra Dzungar Galdan Boshugtu Khan en la región de Khalkha y lo derrotaron aquí en junio de 1696. Abdurashid Khan II fue interrogado por los Qing y les dio pistas sobre la captura de Dzungar Khan, explicando que pudo huir a Kukunor solo a través de Turpan y Kumul, que suministraban alimentos a sus tropas. Los Qing se pusieron en contacto con el gobernante de Kumul Ubaidullah Khan (?-1709), capturó al hijo de Galdan Boshugtu Khan, Tsewang Baljir, que vino a Kumul en busca de comida, y lo entregó a los Qing. Galdan Boshugtu Khan murió de enfermedad en 1697, su cuerpo muerto fue capturado por Ubaidullah Khan también y entregado a Qing. El emperador Kangxi recompensó a Abdurashid Khan II y Ubaidullah Khan por participar activamente en la operación para liquidar a Galdan Boshugtu Khan, Abdurashid Khan II recibió permiso para regresar a su tierra natal, mientras que su hijo Sultan fue retenido en Beijing como rehén real. Ubaidullah Khan recibió el título de príncipe Jasak con su título existente de Tarkhan siendo confirmado (exención de impuestos y castigo hasta que cometiera el décimo crimen), el sello, ropa de seda imperial y dinero de plata, que fue declarado por Qing como incorporación del Kanato Kumul a la China Qing. El hijo de Ubaidullah Khan, Gapur Bek, fue designado como asistente del comandante en jefe de las tropas Qing en Suzhou, provincia de Gansu, con residencia permanente en esta ciudad que en realidad significó tomarlo como rehén por Qing.
Muhammad Imin Khan 1682-1690, segundo hijo del sultán Said Baba Khan, bisnieto de Abdurashid Khan. En 1682 envió una embajada a la China Qing con regalos para el emperador Kangxi. En su carta al emperador Kangxi, Muhammad Imin Khan se disculpó por el retraso del tributo de Turpan, que fue causado por la reciente agitación en el país. El emperador Kangxi aceptó los regalos y recomendó reemplazar los caballos por jade en el tributo (con una compensación de 300 rollos de seda fina por 100 tael (aproximadamente 3,78 kg) de jade). La embajada de Turpan estuvo acompañada por el enviado de Kashgar Islam Khoja, quien informó al emperador Kangxi de la reciente invasión de Dzungar y pidió ayuda contra Galdan Boshugtu Khan, pero se desconoce el resultado de las negociaciones.