Ismail Khan fue Khan de Yarkand y Kashgar entre 1666 y 1669. Fue reemplazado por Ilbars Khan de 1669 a 1670. Su khanship fue restaurado entre 1670 y 1680.
En 1680, Galdan Boshugtu Khan condujo a 120.000 caballería Dzungar hacia la cuenca del Tarim a través de Aksu y Turpan hacia Kashgar y Yarkand con la ayuda de Afaq Khoja de los Khoja de la Montaña Blanca y sus seguidores. El ejército avanzó a buen ritmo en su avance. Babak Sultan, hijo del gobernante Chagatai, Ismail Khan, dirigió sus tropas y ofreció una feroz resistencia sólo para morir en la batalla . Habiendo ocupado Kashgar, el ejército de Dzungar avanzó inmediatamente hacia Yarkand. El general Yiwazibo (Iwaz Beg), enviado para oponerse a su avance, fue asesinado, y los Dzungar ocuparon Yarkand y llevaron a Ismail Khan y su familia como prisioneros a Ili . [1] [2]