La taxonomía bacteriana es la clasificación de las cepas dentro del dominio Bacteria en jerarquías de similitud. Esta clasificación es similar a la de las plantas , los mamíferos y otras taxonomías. Sin embargo, los biólogos especializados en diferentes áreas han desarrollado diferentes convenciones taxonómicas a lo largo del tiempo. Por ejemplo, los taxonomistas bacterianos nombran los tipos basándose en descripciones de cepas. Los zoólogos, entre otros, utilizan un espécimen tipo.
Diversidad
Las bacterias ( procariotas , junto con las arqueas) comparten muchas características comunes, entre ellas la falta de membrana nuclear, la unicelularidad, la división por fisión binaria y un tamaño generalmente pequeño. Las distintas especies se pueden diferenciar mediante la comparación de varias características, lo que permite su identificación y clasificación. Algunos ejemplos son:
Filogenia : todas las bacterias provienen de un ancestro común y se han diversificado desde entonces, y en consecuencia poseen diferentes niveles de parentesco evolutivo (ver Filos bacterianos y Cronología de la evolución ).
Metabolismo : Diferentes bacterias pueden tener diferentes capacidades metabólicas (ver Metabolismo microbiano )
Medio ambiente : Diferentes bacterias prosperan en diferentes entornos, como temperaturas altas o bajas y sal (ver Extremófilos ).
Morfología : Existen muchas diferencias estructurales entre las bacterias, como la forma celular, la tinción de Gram (número de bicapas lipídicas) o la composición de las bicapas (ver Morfologías celulares bacterianas , Estructura celular bacteriana ).
Los primeros géneros de bacterias descritos incluyen Vibrio y Monas , por OF Müller (1773, 1786), entonces clasificados como Infusoria (sin embargo, muchas especies antes incluidas en esos géneros se consideran hoy como protistas); Polyangium , por HF Link (1809), la primera bacteria aún reconocida hoy; Serratia , por Bizio (1823); y Spirillum , Spirochaeta y Bacterium , por Ehrenberg (1838). [7] [8]
El término Bacterium , introducido como género por Ehrenberg en 1838, [9] se convirtió en un término general para las células con forma de bastón. [7]
Clasificaciones formales tempranas
Árbol de la vida en Generelle Morphologie der Organismen (1866) [10]
Las bacterias fueron clasificadas por primera vez como plantas que constituyen la clase Schizomycetes , que junto con las Schizophyceae (algas verdeazuladas/ cianobacterias ) formaron el filo Schizophyta . [11]
Haeckel en 1866 colocó al grupo en el filo Moneres (de μονήρης: simple) en el reino Protista y los define como organismos completamente desestructurados y homogéneos, que consisten solo en un trozo de plasma. [10] Subdividió el filo en dos grupos: [10]
las Gymnomoneren (sin sobre)
Protogenes – como Protogenes primordialis , ahora clasificado como eucariota y no como bacteria
Protamaeba – ahora clasificada como eucariota y no como bacteria
Vibrio – un género de bacterias con forma de coma descritas por primera vez en 1854 [12] )
Bacteria : género de bacterias con forma de bastón descrito por primera vez en 1828, que más tarde dio su nombre a los miembros de Monera, anteriormente denominados "un moneron" (plural "monera") en inglés y " eine Moneren " (plural " Moneres ") en alemán.
Bacillus : un género de bacterias con forma de bastón y formadoras de esporas, descrito por primera vez en 1835 [13]
El grupo fue posteriormente reclasificado como Procariotas por Chatton . [16]
La clasificación de las cianobacterias (coloquialmente "algas verdeazuladas") ha sido objeto de debate entre ser algas o bacterias (por ejemplo, Haeckel clasificó a Nostoc en el filo Archephyta de las Algas [10] ).
En 1905, Erwin F. Smith aceptó 33 nombres válidos diferentes de géneros bacterianos y más de 150 nombres inválidos, [17] y Vuillemin, en un estudio de 1913, [18] concluyó que todas las especies de Bacteria deberían caer en los géneros Planococcus , Streptococcus , Klebsiella , Merista , Planomerista , Neisseria , Sarcina , Planosarcina , Metabacterium , Clostridium , Serratia , Bacterium y Spirillum .
Cohn [19] reconoció cuatro tribus : Spherobacteria, Microbacteria, Desmobacteria y Spirobacteria. Stanier y van Neil [20] reconocieron el reino Monera con dos filos, Myxophyta y Schizomycetae, este último comprendiendo las clases Eubacteriae (tres órdenes), Myxobacteriae (un orden) y Spirochetae (un orden). Bisset [21] distinguió 1 clase y 4 órdenes: Eubacteriales, Actinomycetales, Streptomycetales y Flexibacteriales. El sistema de Walter Migula , [22] que fue el sistema más ampliamente aceptado de su tiempo e incluyó todas las especies conocidas entonces pero se basó solo en la morfología, contenía los tres grupos básicos Coccaceae, Bacillaceae y Spirillaceae, pero también Trichobacterinae para las bacterias filamentosas. Orla-Jensen [23] estableció dos órdenes: Cephalotrichinae (siete familias) y Peritrichinae (presumiblemente con una sola familia). Bergey et al. [24] presentó una clasificación que en general siguió el Informe Final de 1920 del Comité de la Sociedad Americana de Bacteriólogos (Winslow et al.), que dividió la clase Schizomycetes en cuatro órdenes: Myxobacteriales, Thiobacteriales, Chlamydobacteriales y Eubacteriales, con un quinto grupo formado por cuatro géneros considerados intermedios entre bacterias y protozoos: Spirocheta , Cristospira , Saprospira y Treponema .
Sin embargo, diferentes autores a menudo reclasificaron los géneros debido a la falta de rasgos visibles en los que basarse, lo que resultó en un estado pobre que fue resumido en 1915 por Robert Earle Buchanan. [25] Para entonces, todo el grupo recibió diferentes rangos y nombres por diferentes autores, a saber:
Esquizomicetos (Naegeli 1857) [11]
Bacteriáceas (Cohn 1872 a) [26]
Bacterias (Cohn 1872 b) [27]
Schizomycetaceae (DeToni y Trevisan 1889) [28]
Además, las familias en las que se subdividía la clase cambiaban de un autor a otro y, para algunos, como Zipf, los nombres estaban en alemán y no en latín. [29]
La primera edición del Código Bacteriológico en 1947 resolvió varios problemas. [30] [ ejemplo necesario ]
El sistema de AR Prévot [31] [32] ) tenía cuatro subfilos y ocho clases, como sigue:
Eubacterias (clases Asporulales y Sporulales)
Mycobacteriales (clases Actinomycetales, Myxobacteriales y Azotobacteriales)
Algobacteriales (clases Siderobacteriales y Thiobacteriales)
Protozoobacterias (clase Spirochetales)
Grupos informales basados en la tinción de Gram
A pesar de que no hay un consenso sobre los principales subgrupos de Bacteria , los resultados de la tinción de Gram se utilizaron con mayor frecuencia como herramienta de clasificación. En consecuencia, hasta la llegada de la filogenia molecular, el reino Prokaryota se dividió en cuatro divisiones, [41] Un esquema de clasificación que todavía sigue formalmente el manual de bacteriología sistemática de Bergey para el orden de los tomos [42]
Gracilicutes (gramnegativos)
Fotobacterias (fotosintéticas): clase Oxyphotobacteriae (agua como donador de electrones, incluye el orden Cyanobacteriales = algas verdeazuladas, ahora filo Cyanobacteria ) y clase Anoxyphotobacteriae (fotótrofos anaeróbicos, órdenes: Rhodospirillales y Chlorobiales
Scotobacteria (no fotosintéticas, ahora Proteobacteria y otros filos gramnegativos no fotosintéticos)
Firmacutes [sic] (grampositivo, posteriormente corregido a Firmicutes [43] )
varios órdenes como Bacillales y Actinomycetales (ahora en el filo Actinobacteria )
Mollicutes (gramo variable, p. ej. Mycoplasma )
Mendocutes (tinción de Gram desigual, "bacteria metanogénica", ahora conocida como Archaea )
Era molecular
Las “bacterias arcaicas” y la reclasificación de Woese
Árbol filogenético que muestra la relación entre las arqueas y otras formas de vida. Los eucariotas están coloreados en rojo, las arqueas en verde y las bacterias en azul. Adaptado de Ciccarelli et al. [44]
Woese argumentó que las bacterias, las arqueas y los eucariotas representan líneas de descendencia separadas que divergieron temprano de una colonia ancestral de organismos. [45] [46] Sin embargo, algunos biólogos argumentan que las arqueas y los eucariotas surgieron de un grupo de bacterias. [47] En cualquier caso, se piensa que los virus y las arqueas comenzaron sus relaciones hace aproximadamente dos mil millones de años, y que la coevolución puede haber estado ocurriendo entre los miembros de estos grupos. [48] Es posible que el último ancestro común de las bacterias y las arqueas fuera un termófilo, lo que plantea la posibilidad de que las temperaturas más bajas sean "ambientes extremos" en términos arqueológicos, y los organismos que viven en ambientes más fríos aparecieron solo más tarde. [49] Dado que las arqueas y las bacterias no están más relacionadas entre sí que con los eucariotas, el único significado sobreviviente del término procariota es "no es un eucariota", lo que limita su valor. [50]
Con metodologías mejoradas se hizo evidente que las bacterias metanogénicas eran profundamente diferentes y se creía (erróneamente) que eran reliquias de bacterias antiguas [51] así Carl Woese , considerado como el precursor de la revolución de la filogenia molecular, identificó tres líneas primarias de descendencia: las Archaebacteria , las Eubacteria y las Urkaryotes , estas últimas ahora representadas por el componente nucleocitoplasmático de los Eukaryotes . [52] Estos linajes se formalizaron en el rango Dominio ( regio en latín) que dividió la Vida en 3 dominios: los Eukaryota , las Archaea y las Bacterias . [2]
Subdivisiones
En 1987 Carl Woese dividió las Eubacterias en 11 divisiones basadas en secuencias de ARN ribosómico 16S (SSU), que con varias adiciones todavía se utilizan hoy en día. [53] [54]
Oposición
Si bien el sistema de tres dominios es ampliamente aceptado, [55] algunos autores se han opuesto a él por diversas razones.
Un científico prominente que se opone al sistema de tres dominios es Thomas Cavalier-Smith , quien propuso que las arqueas y los eucariotas (los neomura ) provienen de bacterias gram positivas ( posibacteria ), que a su vez derivan de bacterias gram negativas ( negibacteria ) basándose en varios argumentos lógicos, [56] [57] que son altamente controvertidos y generalmente ignorados por la comunidad de biología molecular ( cf comentarios de los revisores en, [57] por ejemplo, Eric Bapteste es "agnóstico" con respecto a las conclusiones) y a menudo no se mencionan en las revisiones ( por ejemplo , [58] ) debido a la naturaleza subjetiva de las suposiciones realizadas. [59]
Sin embargo, a pesar de que existe una gran cantidad de estudios respaldados estadísticamente que apuntan al enraizamiento del árbol de la vida entre las bacterias y los neomuros mediante una variedad de métodos, [60] incluidos algunos que son inmunes a la evolución acelerada (que, según Cavalier-Smith, es la fuente de la supuesta falacia en los métodos moleculares [56] ), hay algunos estudios que han llegado a conclusiones diferentes, algunas de las cuales ubican la raíz en el filo Firmicutes con arqueas anidadas. [61] [62] [63]
La taxonomía molecular de Radhey Gupta, basada en secuencias de firmas conservadas de proteínas, incluye un clado monofilético Gram negativo, un clado monofilético Gram positivo y un Archeota polifilético derivado de Gram positivos. [64] [65] [66] El análisis molecular de Hori y Osawa indicó un vínculo entre Metabacteria (=Archeota) y eucariotas. [67] Los únicos análisis cladísticos para bacterias basados en evidencia clásica corroboran en gran medida los resultados de Gupta (ver mega-taxonomía completa).
James Lake presentó un esquema de 2 reinos primarios (Parkaryotae + eucariotas y eocitos + Karyotae) y sugirió un esquema de 5 reinos primarios (Eukaryota, Eocyta, Methanobacteria, Halobacteria y Eubacteria) basado en la estructura ribosómica y un esquema de 4 reinos primarios (Eukaryota, Eocyta , Methanobacteria y Photocyta), clasificando las bacterias según 3 innovaciones bioquímicas principales: fotosíntesis (Photocyta), metanogénesis (Methanobacteria) y respiración de azufre ( Eocyta ). [68] [69] [70] También ha descubierto evidencia de que las bacterias Gram-negativas surgieron de una simbiosis entre 2 bacterias Gram-positivas. [71]
Autoridades
La clasificación es la agrupación de organismos en grupos progresivamente más inclusivos basados en la filogenia y el fenotipo, mientras que la nomenclatura es la aplicación de reglas formales para nombrar organismos. [72]
Autoridad de nomenclatura
A pesar de no existir una clasificación oficial y completa de los procariotas, los nombres (nomenclatura) dados a los procariotas están regulados por el Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias ( Código Bacteriológico ), un libro que contiene consideraciones generales, principios, reglas y notas varias, y aconseja [73] de manera similar a los códigos de nomenclatura de otros grupos.
Autoridades de clasificación
A medida que los taxones proliferaban, se desarrollaron sistemas taxonómicos asistidos por ordenador. Los primeros programas de identificación no en red que entraron en uso generalizado fueron los producidos por Edwards (1978), Kellogg (1979), Schindler, Duben y Lysenko (1979), Beers y Lockhard (1962), Gyllenberg (1965), Holmes y Hill (1985), Lapage et al (1970) y Lapage et al (1973). [74] : 63
En la actualidad, los taxones que han sido descritos correctamente se revisan en el manual de Bacteriología Sistemática de Bergey , que tiene como objetivo ayudar en la identificación de especies y se considera la máxima autoridad. [42] Una versión en línea del esquema taxonómico de bacterias y arqueas (TOBA) está disponible [1].
La Lista de nombres procariotas con posición en la nomenclatura (LPSN) es una base de datos en línea que actualmente contiene más de dos mil nombres aceptados con sus referencias, etimologías y varias notas. [75]
Descripción de nuevas especies
La Revista Internacional de Bacteriología Sistemática/Revista Internacional de Microbiología Sistemática y Evolutiva (IJSB/IJSEM) es una revista arbitrada que actúa como foro internacional oficial para la publicación de nuevos taxones procariotas. Si una especie se publica en una revista arbitrada diferente, el autor puede enviar una solicitud a IJSEM con la descripción adecuada, que, si es correcta, la nueva especie se incluirá en la Lista de Validación de IJSEM.
Distribución
Las colecciones de cultivos microbianos son depósitos de cepas que tienen como objetivo su salvaguarda y distribución. Las principales son: [72]
Análisis
Las bacterias se clasificaban inicialmente basándose únicamente en su forma (vibrio, bacilo, coco, etc.), presencia de endosporas, tinción de Gram, condiciones aeróbicas y motilidad. Este sistema cambió con el estudio de los fenotipos metabólicos, donde se utilizaron las características metabólicas. [76] Recientemente, con el advenimiento de la filogenia molecular, se utilizan varios genes para identificar especies, de los cuales el más importante es el gen 16S rRNA , seguido por 23S , región ITS, gyrB y otros para confirmar una mejor resolución. La forma más rápida de identificar una cepa aislada para que coincida con una especie o género en la actualidad se hace amplificando su gen 16S con cebadores universales y secuenciando el amplicón de 1,4 kb y enviándolo a una base de datos de identificación especializada basada en la web, a saber, Ribosomal Database Project[2] Archivado el 19 de agosto de 2020 en Wayback Machine , que alinea la secuencia con otras secuencias 16S utilizando infernal, una alineación global de bases de estructura secundaria, [77] [78] o ARB SILVA, que alinea secuencias a través de SINA (alineador incremental SILVA), que realiza una alineación local de una semilla y la extiende [3]. [79]
Análisis basado en la secuencia del genoma completo
Nueva especie
Los estándares mínimos para describir una nueva especie dependen del grupo al que pertenece la especie. cf [80]
Candidato
Candidatus es un componente del nombre taxonómico de una bacteria que no se puede mantener en una colección de cultivos bacteriológicos. Es un estado taxonómico provisional para organismos no cultivables, por ejemplo, " Candidatus Pelagibacter ubique " .
Concepto de especie
Las bacterias se dividen asexualmente y en su mayoría no muestran regionalismos (" Todo está en todas partes "), por lo que el concepto de especie, que funciona mejor para los animales, se convierte enteramente en una cuestión de juicio.
El número de especies de bacterias y arqueas con nombre (aproximadamente 13.000) [81] es sorprendentemente pequeño teniendo en cuenta su evolución temprana, su diversidad genética y su residencia en todos los ecosistemas. La razón de ello son las diferencias en los conceptos de especie entre las bacterias y los macroorganismos, las dificultades para el crecimiento/caracterización en cultivos puros (un requisito previo para dar nombre a nuevas especies, vide supra ) y la extensa transferencia horizontal de genes que difumina la distinción entre especies. [82]
La definición más comúnmente aceptada es la definición de especie polifásica, que tiene en cuenta tanto las diferencias fenotípicas como las genéticas. [83]
Sin embargo, un umbral de diagnóstico ad hoc más rápido para separar las especies es una hibridación ADN-ADN inferior al 70%, [84] lo que corresponde a una identidad de secuencia de ADN 16S inferior al 97%. [85] Se ha observado que si esto se aplicara a la clasificación animal, el orden primates sería una sola especie. [86]
Por este motivo, se han propuesto definiciones de especies más estrictas basadas en secuencias del genoma completo. [87]
Patología vs. filogenia
Lo ideal sería que la clasificación taxonómica reflejara la historia evolutiva de los taxones, es decir, la filogenia. Aunque existen algunas excepciones cuando el fenotipo difiere dentro del grupo, especialmente desde un punto de vista médico. A continuación se presentan algunos ejemplos de clasificaciones problemáticas.
Escherichia coli: demasiado grande y polifilético
En la familia Enterobacteriaceae de la clase Gammaproteobacteria , las especies del género Shigella ( S. dysenteriae , S. flexneri , S. boydii , S. sonnei ) desde un punto de vista evolutivo son cepas de la especie Escherichia coli (polifiléticas), pero debido a diferencias genéticas causan diferentes condiciones médicas en el caso de las cepas patógenas. [88] Confusamente, también hay cepas de E. coli que producen toxina Shiga conocida como STEC .
Escherichia coli es una especie mal clasificada, ya que algunas cepas comparten solo el 20 % de su genoma. Al ser tan diversa, se le debería dar una clasificación taxonómica más alta. [89] Sin embargo, debido a las condiciones médicas asociadas con la especie, no se cambiará para evitar confusiones en el contexto médico.
Bacillus cereusgrupo: cerrado y polifilético
De manera similar, las especies de Bacillus (=filo Firmicutes ) pertenecientes al " grupo B. cereus " ( B. anthracis , B. cereus , B. thuringiensis , B. mycoides , B. pseudomycoides , B. weihenstephanensis y B. medusa ) tienen una secuencia de ARNr 16S similar en un 99-100% (el 97% es un límite de especie adecuado comúnmente citado) y son polifiléticas, pero por razones médicas (ántrax, etc. ) permanecen separadas. [90]
Yersinia pestis: especie extremadamente reciente
Yersinia pestis es en efecto una cepa de Yersinia pseudotuberculosis , pero con una isla de patogenicidad que le confiere una patología drásticamente diferente (peste negra y síntomas similares a la tuberculosis respectivamente) que surgió hace 15.000 a 20.000 años. [91]
Géneros anidados enPseudomonas
En el orden gammaproteobacteriano Pseudomonadales , el género Azotobacter y la especie Azomonas macrocytogenes son en realidad miembros del género Pseudomonas , pero fueron clasificados erróneamente debido a las capacidades de fijación de nitrógeno y al gran tamaño del género Pseudomonas , lo que hace que la clasificación sea problemática. [76] [92] [93] Esto probablemente se rectificará en un futuro cercano.
Géneros anidados enBacilo
Otro ejemplo de un género grande con géneros anidados es el género Bacillus , en el que los géneros Paenibacillus y Brevibacillus son clados anidados. [94] En la actualidad, no hay suficientes datos genómicos para corregir de forma completa y efectiva los errores taxonómicos en Bacillus .
Agrobacteria:resistencia al cambio de nombre
Con base en datos moleculares se demostró que el género Agrobacterium está anidado en Rhizobium y las especies de Agrobacterium se transfirieron al género Rhizobium (resultando en las siguientes nov. comp.: Rhizobium radiobacter (antes conocida como A. tumefaciens) , R. rhizogenes , R. rubi , R. undicola y R. vitis ) [95]. Dada la naturaleza fitopatógena de las especies de Agrobacterium , se propuso mantener el género Agrobacterium [96] y esto último fue contraargumentado [97].
Otros ejemplos de resistencia al cambio de nombre
Gupta et al. 2018 propusieron dividir Mycobacterium en cinco géneros. [98] La comunidad médica se opuso a este cambio. [99] Cualquiera de las dos opiniones taxonómicas puede considerarse válida , según LPSN, ya que los nombres de Gupta aparecieron en la Lista de Validación 181. [100]
Gupta et al. 2018dividieron Mycoplasma en seis géneros en tres familias. [101] Los cambios se hicieron válidos en la Lista de Validación 184. [102] Los investigadores médicos se opusieron firmemente al cambio de nombre y buscan que la ICSP rechace los nuevos nombres, [103] pero la Comisión Judicial de la ICSP no aceptó esta solicitud. (Al igual que en el caso anterior, los nombres más antiguos siguen publicados de forma válida, por lo que aún es aceptable usar estos nombres según el Código Procariota ). [104]
Nomenclatura
Los nombres taxonómicos se escriben en cursiva (o subrayados si se escriben a mano) con la primera letra en mayúscula, con excepción de los epítetos para especies y subespecies. A pesar de ser común en zoología, los tautónimos (por ejemplo, Bison bison ) no son aceptables y los nombres de taxones utilizados en zoología, botánica o micología no pueden reutilizarse para Bacteria (la botánica y la zoología comparten nombres).
La nomenclatura es el conjunto de reglas y convenciones que rigen los nombres de los taxones. En [105] se analiza la diferencia de nomenclatura entre los distintos reinos o dominios.
Para las bacterias, los nombres válidos deben tener un nombre en latín o neolatino y solo pueden usar letras latinas básicas (w y j inclusive, ver Historia del alfabeto latino para esto), en consecuencia, no se aceptan guiones, acentos y otras letras y deben transliterarse correctamente (por ejemplo, ß=ss). [106] El griego antiguo, al estar escrito en el alfabeto griego, debe transliterarse al alfabeto latino.
Cuando se crean palabras compuestas , se necesita una vocal de conexión según el origen de la palabra precedente, independientemente de la palabra que le sigue, a menos que esta última comience con vocal, en cuyo caso no se añade ninguna vocal de conexión. Si el primer compuesto es latino, la vocal de conexión es una -i-, mientras que si el primer compuesto es griego, la vocal de conexión es una -o-. [107]
Para etimologías de nombres consultar LPSN.
Reglas para taxones superiores
Para los procariotas ( bacterias y arqueas ), el rango reino no se ha utilizado hasta 2024 [108] (aunque algunos autores se refieren a los filos como reinos [72] ). La categoría de reino se incluyó en el Código Bacteriológico en noviembre de 2023, [109] las primeras cuatro propuestas ( Bacillati , Fusobacteriati , Pseudomonadati , Thermotogati ) se publicaron válidamente en enero de 2024. [110]
Si una especie nueva o enmendada se coloca en nuevos rangos, de acuerdo con la Regla 9 del Código Bacteriológico, el nombre se forma mediante la adición de un sufijo apropiado a la raíz del nombre del género tipo. [73] Para la subclase y la clase, generalmente se sigue la recomendación de [111] , lo que resulta en un plural neutro, sin embargo, algunos nombres no siguen esto y en su lugar tienen en cuenta la gramática grecolatina (por ejemplo, los plurales femeninos Thermotogae , Aquificae y Chlamydiae , los plurales masculinos Chloroflexi , Bacilli y Deinococci y los plurales griegos Spirochaetes , Gemmatimonadetes y Chrysiogenetes ). [112]
Terminaciones de filos
Hasta 2021, los filos no estaban cubiertos por el código bacteriológico , por lo que se nombraban de manera informal. [112] Esto resultó en una variedad de enfoques para nombrar a los filos. Algunos filos, como Firmicutes, se nombraron de acuerdo con características compartidas en todo el filo. Otros, como Chlamydiae, se nombraron utilizando un nombre de clase o nombre de género como raíz (p. ej., Chlamydia ). En 2021, se tomó la decisión de incluir nombres bajo el Código bacteriológico. En consecuencia, muchos nombres de filos se actualizaron de acuerdo con las nuevas reglas de nomenclatura. [113] Los taxones superiores propuestos por Cavalier-Smith [56] generalmente son ignorados por la comunidad de filogenia molecular ( p. ej ., [58] ) (vide supra).
Según las nuevas reglas, el nombre de un filo se deriva del género tipo:
Varias especies llevan el nombre de personas, ya sea el descubridor o una persona famosa en el campo de la microbiología, por ejemplo, Salmonella lleva el nombre de DE Salmon, quien la descubrió (aunque como "Bacillus typhi" [114] ). [115]
Para el epíteto genérico, todos los nombres derivados de personas deben estar en el caso nominativo femenino, ya sea cambiando la terminación a -a o al diminutivo -ella, dependiendo del nombre. [107]
Para el epíteto específico, los nombres se pueden convertir en forma adjetival (añadiendo -nus (m.), -na (f.), -num (n.) según el género del nombre del género) o en el genitivo del nombre latinizado. [107]
Nombres de lugares
Muchas especies (el epíteto específico) reciben su nombre del lugar en el que están presentes o se encuentran (por ejemplo, Thiospirillum jenense). Sus nombres se crean formando un adjetivo uniendo el nombre de la localidad con la terminación -ensis (m. o f.) o ense (n.) de acuerdo con el género del nombre del género, a menos que exista un adjetivo en latín clásico para el lugar. Sin embargo, los nombres de lugares no deben usarse como sustantivos en caso genitivo. [107]
Nombres vernáculos
A pesar de que algunas colonias o biopelículas hetero/homogéneas de bacterias tienen nombres en inglés (por ejemplo, placa dental o gelatina estrellada ), ninguna especie bacteriana tiene un nombre vernáculo/trivial/común en inglés.
Para los nombres en forma singular, no se pueden hacer plurales ( singulare tantum ) ya que implicaría múltiples grupos con la misma etiqueta y no múltiples miembros de ese grupo (por analogía, en inglés, sillas y mesas son tipos de muebles, que no se pueden usar en la forma plural "muebles" para describir ambos miembros), por el contrario, la forma plural de los nombres es pluralia tantum. Sin embargo, una excepción parcial a esto se hace mediante el uso de nombres vernáculos. Sin embargo, para evitar la repetición de nombres taxonómicos que interrumpen el flujo de la prosa, a menudo se usan y recomiendan los nombres vernáculos de los miembros de un género o taxones superiores, estos se forman escribiendo el nombre de los taxones en tipo oración roman ("estándar" en MS Office), tratando así el nombre propio como un nombre común inglés (p. ej. the salmonellas), aunque existe cierto debate sobre la gramática de los plurales, que pueden ser plurales regulares agregando -(e)s (the salmonellas) o usando la forma plural griega o latina antigua ( plurales irregulares ) del sustantivo (the salmonellae); Esto último es problemático ya que el plural de -bacter sería -bacteres, mientras que el plural de myces (NL n. masc. del Gr. n. masc. mukes) es mycetes. [116]
Existen costumbres para ciertos nombres, como que los que terminan en -monas se convierten en -monad (una pseudomonad, dos aeromonads y no -monades).
Las bacterias que son la causa etiológica de una enfermedad a menudo se denominan por el nombre de la enfermedad seguido de un sustantivo descriptivo (bacteria, bacilo, coco, agente o el nombre de su filo), por ejemplo, la bacteria del cólera ( Vibrio cholerae ) o la espiroqueta de la enfermedad de Lyme ( Borrelia burgdorferi ), nótese también la rickettsiosis ( Rickettsia akari ) (para más información, consulte [117] ).
Treponema se convierte en treponema y el plural es treponemes y no treponemata.
Algunas bacterias y arqueas inusuales tienen nombres especiales, como el óvalo de Quin ( Quinella ovalis ) y el cuadrado de Walsby ( Haloquadratum walsbyi ).
Antes de la aparición de la filogenia molecular, muchas agrupaciones taxonómicas superiores tenían sólo nombres triviales, que todavía se utilizan hoy en día, algunos de los cuales son polifiléticos, como Rhizobacteria. Algunos nombres triviales taxonómicos superiores son:
Las algas verdeazuladas son miembros del filo " Cianobacterias ".
Las bacterias verdes no azufradas son miembros del filo Chloroflexota
Las bacterias verdes del azufre son miembros de la clorobiota.
Las bacterias púrpuras son algunos, pero no todos, los miembros del filo Pseudomonadota.
Las bacterias del azufre púrpura son miembros del orden Chromatiales.
Las bacterias Gram positivas con bajo contenido de G+C son miembros del filo Bacillota , independientemente del contenido de GC.
Las bacterias Gram-positivas con alto contenido de G+C son miembros del filo Actinomycetota , independientemente del contenido de GC.
Los rizobios son miembros de varios géneros de Pseudomonadota.
Las bacterias del ácido láctico son miembros del orden Lactobacillales.
Las bacterias planeadoras fructíferas o mixobacterias son miembros del filo Myxococcota.
Los entéricos son miembros del orden Enterobacteriales (aunque se evita el término si no viven en los intestinos, como Pectobacterium ).
Las bacterias del ácido acético son miembros de la familia Acetobacteraceae.
Terminología
La abreviatura de especie es sp. (plural spp. ) y se utiliza después de un epíteto genérico para indicar una especie de ese género. A menudo se utiliza para indicar una cepa de un género para el que no se conoce la especie, ya sea porque el organismo aún no se ha descrito como especie o porque no se han realizado suficientes pruebas para identificarlo. Por ejemplo, Halomonas sp. GFAJ-1 – véase también nomenclatura abierta
Si una bacteria es conocida y bien estudiada pero no cultivable, se le da el término Candidatus en su nombre.
Un basónimo es el nombre original de una nueva combinación, es decir, el primer nombre dado a un taxón antes de que fuera reclasificado.
Un sinónimo es un nombre alternativo para un taxón, es decir, un taxón fue descrito erróneamente dos veces.
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